企业非法调查员工属于违法行为，员工可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维权，企业可能面临行政处罚或民事赔偿。具体处理方式及法律后果如下：

1. 非法调查行为的认定
   根据《民法典》第1032条、第1033条，企业未经员工同意，不得通过窃听、偷拍、跟踪、侵入计算机系统等方式非法收集员工隐私信息（如聊天记录、行踪轨迹、健康数据等）。若调查手段涉及侵犯公民个人信息罪（如非法获取行踪轨迹信息50条以上），还可能触犯《刑法》第253条之一。

2. 员工维权路径

   • 协商解决：员工可要求企业立即停止侵权行为，删除非法获取的信息，并书面道歉。
     
   • 行政投诉：向劳动监察部门举报企业违法行为，要求查处并责令整改（《劳动保障监察条例》第11条）。
     
   • 仲裁/诉讼：以企业侵犯隐私权、个人信息权为由提起劳动仲裁或民事诉讼，主张赔偿精神损失、误工费等（《个人信息保护法》第69条）。
     
   • 刑事报案：若企业行为涉嫌犯罪（如非法获取公民个人信息罪），可直接向公安机关报案。

3. 企业法律责任

   • 行政责任：劳动行政部门可责令企业改正，处以警告或罚款；情节严重的，可能被列入失信联合惩戒名单（《劳动保障监察条例》第30条）。
     
   • 民事责任：需赔偿员工因侵权遭受的损失（包括精神损害抚慰金），并公开赔礼道歉（《民法典》第179条、第995条）。
     
   • 刑事责任：若构成犯罪，企业直接负责的主管人员和其他责任人员可能被处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金（《刑法》第253条之一）。

4. 合规建议
   企业若需调查员工（如涉嫌违纪、职务侵占），应遵循以下原则：

   • 合法性：仅在法定情形下（如涉嫌犯罪）启动调查，且需通过合法手段（如调取公开监控、要求员工配合说明）。
     
   • 必要性：调查范围应与涉嫌违法行为直接相关，避免过度收集信息。
     
   • 程序正当：调查前应告知员工权利义务，调查过程需留存书面记录，结果需经员工签字确认（或通过工会、职工代表大会监督）。
     

提示：若您遭遇企业非法调查，建议立即固定证据（如录音、截图、证人证言），并携带相关材料向我进一步咨询具体维权方案。