结论：用不合法的合同以及孤证复印件判案，并不直接等同于违反刑法第399条，但可能涉及其他法律问题或程序瑕疵，具体需结合案件实际情况和法律规定来判断。

分析：

1. 刑法第399条的内容： 刑法第399条主要规定的是“徇私枉法罪”和“民事、行政枉法裁判罪”。其中，“民事、行政枉法裁判罪”指的是在民事、行政审判活动中故意违背事实和法律作枉法裁判，情节严重的行为。这一条款主要关注的是审判人员在审判过程中的故意违法行为。

2. 不合法的合同： 不合法的合同，如因欺诈、胁迫、恶意串通等原因订立的合同，或者违反法律、行政法规的强制性规定的合同，是无效的。然而，合同的不合法性本身并不直接导致审判人员违反刑法第399条。审判人员在处理此类合同时，应当依据法律规定宣告合同无效，并作出相应的裁判。如果审判人员故意违背事实和法律，对不合法的合同作出错误的裁判，且情节严重，才可能构成“民事、行政枉法裁判罪”。

3. 孤证复印件： 孤证复印件指的是仅有一份证据的复印件，且没有其他证据相互印证。在司法实践中，孤证复印件通常难以单独作为定案的依据，因为其真实性、合法性和关联性都可能受到质疑。然而，孤证复印件本身并不直接导致审判人员违反刑法第399条。审判人员在处理案件时，应当依据法律规定和证据规则，对证据进行审查判断。如果审判人员故意忽视证据规则，仅凭孤证复印件作出裁判，且情节严重，才可能构成违法。

4. 综合判断： 要判断审判人员是否违反刑法第399条，需要综合考虑多个因素，包括审判人员的行为是否故意违背事实和法律、裁判结果是否错误、情节是否严重等。仅仅因为使用了不合法的合同或孤证复印件，并不能直接得出审判人员违反刑法第399条的结论。

建议：

• 如果您认为审判人员在处理您的案件时存在违法行为，如故意违背事实和法律作出裁判，您可以向相关部门进行投诉或申诉。
• 在提供证据时，应尽量提供原件或经过公证的复印件，以确保证据的真实性和合法性。
• 如果您对合同的有效性或证据的证明力有疑问，可以咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您有具体的案件或证据问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。
• 在处理法律问题时，请务必保持冷静和理性，遵循法律程序和规定，以维护自己的合法权益。