结论：公司按照最低缴费基数缴纳社保和公积金是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 关于社保缴费基数
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保缴费基数应按照职工上年度月平均工资确定，且不得低于当地社保部门公布的缴费基数下限（通常为社平工资的60%），也不得高于上限（通常为社平工资的300%）。

   • 若职工实际工资高于最低缴费基数：公司按最低基数缴纳属于违法行为，职工有权要求公司补缴差额，并可向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 若职工实际工资等于或低于最低缴费基数：公司按最低基数缴纳是合法的，但需确保职工工资不低于当地最低工资标准。
     

2. 关于公积金缴费基数
   根据《住房公积金管理条例》，公积金缴费基数同样应按照职工上年度月平均工资确定，且不得低于当地公积金中心公布的最低缴费基数（通常与社保下限一致），也不得高于上限（通常为社平工资的3倍）。

   • 若职工实际工资高于最低缴费基数：公司按最低基数缴纳属于违法行为，职工可向当地公积金中心投诉，要求公司补缴差额。
     
   • 若职工实际工资等于或低于最低缴费基数：公司按最低基数缴纳是合法的。
     

补充说明：

• 实践中，部分公司为降低成本，可能统一按最低基数缴纳社保和公积金，即使职工实际工资高于该标准。这种行为损害了职工的合法权益，职工可通过以下途径维权：
  
  1. 与公司协商补缴；
     
  2. 向当地社保部门或公积金中心投诉；
     
  3. 申请劳动仲裁（需提供工资流水、劳动合同等证据）。
     
• 需注意，社保和公积金的缴费基数可能因地区政策不同而有所差异，建议结合当地具体规定判断。
  

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