关于公司只按最低基数交公积金是否合法的问题，这主要取决于员工的实际工资水平与当地规定的最低缴存基数之间的关系，以及公司是否遵循了相关法律法规。

首先，我们要明确的是，根据《住房公积金管理条例》的规定，职工住房公积金的月缴存额应基于职工本人上一年度月平均工资与规定的缴存比例来确定。这意味着，在正常情况下，公积金的缴存基数应该是职工的实际月平均工资，而不是公司统一设定的最低基数。

接下来，我们分情况讨论：

1. 员工工资低于或等于最低缴存基数：

   • 如果员工的月工资收入确实低于或等于当地规定的住房公积金最低缴存基数，那么公司按照该最低标准为其缴存住房公积金是符合法律规定的。

2. 员工工资高于最低缴存基数：

   • 如果员工的实际工资高于当地规定的最低缴存基数，但公司却统一按最低标准缴纳，这就违反了《住房公积金管理条例》的规定。因为这样做损害了员工的合法权益，没有按照员工的实际工资水平来合理确定缴存基数。

此外，还有一些特殊情况需要注意：

• 如果职工上一年度月平均工资高于当地上年度职工平均工资的300%，公司也不能简单地按最低基数缴纳公积金，这同样是违法的。
• 公司应定期向职工公示公积金的缴存情况，接受职工的监督，以确保合规性。

对于公司而言，按最低基数缴纳公积金虽然可能在短期内减少了一些支出，但长期来看，这并不利于公司的健康发展。因为这样做可能损害员工的权益，降低员工的归属感和忠诚度，进而影响公司的整体形象和竞争力。

如果员工认为公司缴纳的公积金不符合规定，首先应与单位沟通协商，要求调整缴存基数。如果协商不成，员工可以向当地住房公积金管理中心投诉举报，由管理中心责令单位限期改正；逾期不改的，管理中心还可以对单位处以罚款。

综上所述，公司只按最低基数交公积金是否合法，需根据职工的实际工资情况与当地公积金政策来具体判断。公司应严格遵守相关法律法规，合理确定缴存基数，以保障员工权益并促进自身长远发展。