关于您提出的“公司按照最低社保缴费基数缴纳社保是否合法”的问题，这是一个涉及员工权益和公司法律责任的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
结论前置：在多数情况下，公司按照最低社保缴费基数来缴纳社保是不合法的，除非职工的实际工资确实低于当地社保最低缴费基数。
一、社保缴费基数的法律确定
根据《中华人民共和国社会保险法》及相关法律法规，社保缴费基数应当根据职工的实际工资来确定。这意味着，公司应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例，以及职工个人工资的比例，来缴纳各项社会保险费用。如果职工的实际工资高于当地社保最低缴费基数，但公司却按照最低缴费基数来缴纳，这显然是不合法的，因为它损害了职工的合法权益。
二、低缴基数对职工权益的具体影响
养老金待遇降低：养老金的计算与缴费基数、缴费年限等密切相关。如果公司按照较低的缴费基数为职工缴纳社保，那么职工退休后的养老金待遇将会受到影响，计算基数变小，导致养老金减少。
医疗报销额度受限：在医疗报销方面，较低的缴费基数也可能导致职工的报销额度受限。这意味着，在职工需要医疗报销时，可能因为缴费基数低而无法获得足够的报销额度，从而增加了其医疗负担。
三、特殊情况下的最低缴费基数
虽然一般情况下按照最低缴费基数缴纳社保是不合法的，但法律也考虑到了特殊情况。如果职工的实际工资确实低于当地社保最低缴费基数，那么按照规定，公司可以按照最低缴费基数为职工缴纳社保。这是法律对低收入群体的一种保护。
四、公司的法律责任
按时足额缴纳义务：根据《中华人民共和国社会保险法》第六十条，公司有义务自行申报、按时足额缴纳社会保险费。非因不可抗力等法定事由，公司不得缓缴、减免社保费用。
违规处罚：如果公司未按时足额缴纳社会保险费，社会保险费征收机构有权责令其限期缴纳或补足。逾期不缴纳的，征收机构可以采取一系列强制措施，如查询存款账户、申请划拨社会保险费、要求提供担保或申请人民法院扣押、查封、拍卖财产以抵缴社会保险费等。
五、员工的维权途径
如果员工发现公司存在违规按最低基数缴纳社保的情况，有权向当地社保经办机构投诉反映，要求公司补缴差额部分的社保费用。同时，员工还可以通过法律渠道向公司提出申诉和诉讼请求，要求公司依法缴纳社保，并可能因此让公司承担更为严厉的法律责任。
总结与建议：
公司应当严格按照法律规定，根据职工的实际工资收入来足额缴纳社会保险费。这不仅是对职工权益的保障，也是公司合法合规经营的重要体现。同时，公司应定期审查和调整员工的社保缴费基数，确保其与实际工资相符，并加强对社保缴纳相关法规的学习和了解，以避免因误解或忽视法律要求而引发法律风险和经济损失。员工也应了解自己的社保权益，并在发现违规行为时及时维权。