结论：甲方是否有权扣回多算给乙方的款项，需根据双方合同的具体约定、实际履行情况以及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果甲乙双方在合同中明确约定了结算方式、付款条件以及误差处理机制，且甲方多算款项的行为违反了这些约定，那么甲方通常有权根据合同约定要求乙方返还多收的款项。但这一权利的行使需严格遵循合同约定的程序和条件。
   • 若合同中没有明确约定或约定不明确，甲方则难以直接依据合同要求乙方返还，此时可能需要借助法律规定或双方协商来解决。

2. 实际履行情况角度：

   • 如果在实际履行过程中，乙方已经接受了甲方多算的款项，并且没有提出异议，这可能被视为乙方对多算款项的认可。在这种情况下，甲方要求扣回可能会面临一定的困难，因为乙方可能会主张双方已经就结算达成了一致。
   • 然而，如果乙方在发现多算款项后及时提出了异议，并且双方未能就如何处理达成一致，那么甲方在合理期限内仍有权要求乙方返还多收的款项。

3. 法律规定角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的规定，如果甲方多算给乙方的款项没有法律上的依据，且造成了甲方的损失，那么甲方有权要求乙方返还这部分不当得利。
   • 但同时，甲方也需要注意行使权利的方式和期限，避免因为超过诉讼时效或采取不当方式而丧失权利。

4. 时间因素角度：

   • 用户提到已经算了十六个月，这可能会影响到甲方行使权利的时效性。一般来说，民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，如果甲方在这十六个月内已经知道或应当知道多算了款项给乙方，那么其应在诉讼时效期间内行使权利。
   • 但如果甲方在这十六个月内一直不知道多算了款项，或者虽然知道但由于某种原因无法行使权利（如乙方下落不明等），那么诉讼时效可能会中止或中断，具体需根据实际情况判断。

建议：

• 甲方应首先审查双方合同的具体约定，明确自己是否有权要求乙方返还多收的款项。
• 如果合同中有明确约定，甲方应按照约定程序行使权利；如果合同中没有约定或约定不明确，甲方可以尝试与乙方协商解决。
• 如果协商无果，甲方可以考虑通过法律途径解决争议，但需要注意诉讼时效的问题，并在合理期限内提起诉讼或申请仲裁。
• 在整个过程中，甲方应保留好相关证据，如合同、结算单、付款凭证等，以便在需要时证明自己的主张。

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