结论前置：
- 一般情况下，您扣下甲方转到您银行卡上用于偿还欠乙方款项的钱，并不合法。因为这笔钱在法律上属于乙方，您无权擅自扣留。
- 若您与甲方之间有明确的债权债务关系，且甲方同意用该笔款项偿还您的债务，您应通过合法途径确认并处理，而非直接扣留。
详细分析：
首先，从法律关系的角度来看，甲方将欠乙方的钱转到了您的银行卡上，这一行为本身并不改变款项的所有权。在法律上，这笔钱仍然属于乙方，因为它是甲方用来偿还对乙方的债务的。您作为第三方，在没有合法依据的情况下，无权擅自扣留这笔钱。
其次，如果您与甲方之间存在债权债务关系，且甲方确实欠您钱，这并不意味着您可以随意扣留甲方转给乙方的款项。正确的做法应该是，您与甲方协商，看是否可以达成协议，用这笔款项来偿还甲方对您的债务。但这样的协议必须是在双方自愿、平等的基础上达成的，并且最好通过书面形式固定下来，以避免后续的纠纷。
可能的法律后果：
- 如果您擅自扣留了这笔钱，乙方有权要求您返还。如果拒不返还，乙方可能会通过法律途径来追讨，包括但不限于向法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，如果您无法提供合法依据来支持您的扣留行为，法院很可能会判决您返还这笔钱，并可能要求您承担因此产生的诉讼费用和其他相关费用。
- 此外，如果您的行为被认定为恶意或故意侵占他人财产，您还可能面临更严重的法律后果，如刑事处罚等。
建议：
- 如果您确实与甲方有债权债务关系，并且甲方同意用这笔款项来偿还您的债务，建议您与甲方签订一份书面协议，明确双方的权利和义务。
- 如果甲方不同意用这笔款项来偿还您的债务，或者您与甲方之间的债权债务关系存在争议，建议您通过法律途径来解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
- 在任何情况下，都不要擅自扣留他人的财产，以免引发不必要的法律纠纷和后果。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。