甲公司法人直接将钱转给你公司以偿还货款，这一行为是否合法，取决于具体的转账行为和背后的约定。下面我将从法律角度进行详细分析：

一. 公司法人转账行为的合法性

1. 公司独立财产权：根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司法人代表公司行使权利，但其个人财产与公司财产应严格区分。

2. 债务承担：同样依据《中华人民共和国公司法》第三条，公司以其全部财产对公司的债务承担责任。因此，甲公司欠你公司的货款，应由甲公司以其公司财产来偿还，而不是由公司法人个人偿还。

3. 债权转让与债务转移：根据《中华人民共和国民法典》第五百五十一条，债务人将债务的全部或者部分转移给第三人的，应当经债权人同意。在此情况下，如果甲公司法人以个人名义偿还公司债务，实际上构成了一种债务转移，需要得到你公司的明确同意。

二. 转账行为的合法性判断

• 如果转账是基于公司间的正常交易或还款安排，并且得到了你公司的同意：那么这种转账行为是合法的。但这需要确保转账行为有明确的商业理由，且符合公司间的合同约定。
• 如果转账是公司法人未经你公司同意，擅自以个人名义偿还公司债务：那么这种转账行为可能存在问题，因为它可能违反了公司独立财产权的原则，也可能构成未经同意的债务转移。

三. 结论与建议

综上所述，甲公司法人直接将钱转给你公司以偿还货款，这一行为的合法性取决于具体的转账行为和背后的约定。如果转账行为是基于公司间的正常交易或还款安排，并且得到了你公司的同意，那么它是合法的。否则，可能存在问题。

我建议你公司应仔细审查转账行为背后的原因和约定，确保转账行为的合法性和合规性。同时，如果涉及大额资金或复杂交易，建议咨询专业律师以获取更详细的法律意见。如有进一步需要，您可以继续咨询我。