首先，乙方在转账后扣除税款并以现金方式给付甲方，这一行为是否违法，取决于多个因素，包括合同的具体条款、税款的合法性以及现金交易是否符合相关规定。
合同条款的约定：
- 如果合同中明确约定了乙方在转账后可以扣除税款，并且以现金方式给付甲方，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么乙方的行为就不构成违法。
- 如果合同中没有相关约定，或者约定不明确，乙方擅自扣除税款并以现金给付，则可能构成违约，甲方有权要求乙方按照合同约定履行义务。
税款的合法性：
- 乙方扣除的税款必须是依法应当缴纳的税款，且税额计算正确。如果乙方非法扣税或者税额计算错误，将构成对甲方的侵权行为，甲方有权要求乙方返还多扣的税款并赔偿损失。
现金交易的规定：
- 在某些情况下，大额现金交易可能受到监管，需要符合相关的财务和税务规定。如果乙方的现金给付行为违反了这些规定，也可能构成违法。
综上所述，乙方在转账后扣除税款并以现金方式给付甲方是否违法，需要根据合同的具体条款、税款的合法性以及现金交易的相关规定来判断。如果乙方行为构成违法或违约，甲方有权采取相应的法律措施维护自己的合法权益。因此，建议甲方在签订合同时，应明确约定相关条款，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。