结论：乙方一般无权直接扣甲方的货物，但在特定条件下，乙方可能享有留置权，从而有权扣留货物。

分析说明：

1. 一般原则：

   • 在合同纠纷中，特别是涉及运费支付的问题上，乙方（物流方）通常不能直接扣留甲方的货物作为支付运费的手段。这是因为货物的所有权通常属于甲方，乙方无权擅自处置。

2. 留置权的例外：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果乙方对货物享有留置权，那么在特定条件下，乙方有权扣留货物。留置权通常发生在乙方已经合法占有货物，且甲方未按照约定支付运费或其他相关费用的情况下。
   • 留置权的行使需要满足一定条件，包括但不限于：乙方对货物的占有是合法的；甲方未按照约定支付费用；留置货物不违反公序良俗或法律规定；以及乙方在留置货物后，应当在合理期限内通知甲方，并告知其履行债务的期限和方式等。

3. 留置权行使的限制：

   • 即使乙方享有留置权，其行使也受到一定限制。例如，乙方不能擅自处分留置的货物，如出售或毁损等。如果乙方需要处分留置的货物以实现其债权，应当通过合法途径进行，如与甲方协商、申请法院拍卖等。
   • 此外，如果留置的货物价值明显超过甲方所欠的运费或其他费用，乙方应当就超出部分给予甲方相应的补偿。

4. 法律后果：

   • 如果乙方擅自扣留货物，且不符合留置权的行使条件，那么乙方可能构成侵权或违约行为，需要承担相应的法律责任。这包括但不限于赔偿甲方因此遭受的损失、返还货物等。

建议与行动：

• 对于乙方：如果甲方未支付运费，乙方应当首先通过合法途径与甲方协商解决。如果协商无果，且乙方认为符合留置权的行使条件，可以依法行使留置权，但应当注意留置权的行使条件和限制，避免违法或侵权行为的发生。
• 对于甲方：如果乙方擅自扣留货物，甲方可以要求乙方返还货物，并可以依法追究乙方的法律责任。同时，甲方也应当检查自己是否确实存在未支付运费或其他费用的情况，并尽快与乙方协商解决，以避免不必要的法律纠纷。

进一步思考：在实际操作中，留置权的行使往往涉及复杂的法律问题和事实认定。因此，如果双方对留置权的行使存在争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。