在农村土地合同纠纷案中，若存在非法改变土地性质在先、政府规划转建设用地在后的情况，法院的认定通常会从以下角度进行综合考量，核心结论需分情况讨论：

1. 非法改变土地性质行为的效力认定
   根据《土地管理法》第四条、第四十四条，国家实行土地用途管制制度，任何单位或个人不得非法改变土地用途（如将农用地转为建设用地）。若合同签订时土地性质已被非法改变（如未经审批将耕地转为建设用地），该行为因违反法律强制性规定，合同中涉及非法改变用途的部分可能被认定为无效。法院会优先审查土地性质变更的合法性，若变更行为未获法定审批（如未取得农用地转用许可、未缴纳新增建设用地土地有偿使用费），则合同效力存疑。

2. 政府规划行为的法律性质及影响
   政府后续将土地规划为建设用地的行为属于行政许可范畴，但该行为不能“追认”此前非法改变用途的合法性。根据《行政许可法》第八条，行政许可应基于合法前提作出，若土地原用途变更本身违法，政府规划行为可能因基础违法而面临撤销风险。但实践中，法院可能区分“规划行为”与“合同行为”：若政府规划是在土地已非法改变用途后作出，规划行为本身不直接导致合同有效，但可能作为土地现状的认定依据，影响后续责任划分。

3. 合同纠纷中的责任划分

   • 若非法改变用途方为合同一方（如承包方）：法院可能认定其构成根本违约，需承担合同无效或解除的主要责任，包括返还土地、赔偿对方损失（如预期利益损失）。
     
   • 若政府规划导致合同无法履行：即使规划行为合法，若合同因规划调整无法继续，法院可能依据《民法典》第五百六十三条认定合同解除，并由双方根据过错分担损失（如政府补偿、合同方协商）。但若规划调整与非法改变用途行为存在因果关系（如非法改变用途导致土地被纳入规划范围），非法改变用途方可能需承担更大责任。
     
   • 若合同双方均明知土地性质违法：法院可能认定双方存在过错，根据《民法典》第一百五十七条，按过错比例分担因合同无效产生的损失（如土地复垦费用、行政处罚罚款等）。

4. 行政处罚与民事责任的衔接
   非法改变土地性质的行为可能同时触发行政处罚（如责令限期改正、罚款）和民事责任。法院在审理合同纠纷时，可能要求当事人先处理行政违法问题（如恢复土地原状），再解决民事赔偿。若行政机关已对非法改变用途行为作出处罚，法院可能直接引用处罚结果作为认定事实的依据。

建议：

• 收集土地性质变更的审批文件（如农用地转用批复、建设用地规划许可证），证明变更行为的合法性；
  
• 核查政府规划行为的程序合法性（如是否经过听证、是否符合土地利用总体规划）；
  
• 评估合同双方对土地性质变更的知情程度，以确定过错比例。
  

如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节提供更精准的分析。