结论：农用地转非已经批准但规划未通过的情况下所盖房屋，一般而言是不合法的。不过，具体是否合法还需结合房屋建设的具体情况、当地政策以及相关法律法规进行综合判断。
一、农用地转非与规划审批的关系
农用地转非，即农用地转为建设用地，需要经过相关部门的批准。而规划审批，则是对建设用地上的具体建设项目进行规划上的审核，确保项目符合城市规划、土地利用规划等相关要求。农用地转非的批准并不等同于规划审批的通过，两者是独立的行政许可程序。
二、未通过规划审批所盖房屋的法律性质
违法建设：
- 根据《城乡规划法》等相关法律法规，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，属于违法建设。
- 在农用地转非已经批准但规划未通过的情况下所盖房屋，由于未经过规划审批，因此很可能构成违法建设。
法律后果：
- 违法建设可能面临被责令停止建设、限期拆除、罚款等行政处罚。
- 如果违法建设严重到影响城市规划或者公共利益，还可能面临更严厉的法律后果，如强制拆除等。
三、特殊情况下的合法性判断
虽然一般情况下未通过规划审批所盖房屋是不合法的，但也存在一些特殊情况可能影响合法性的判断：
历史遗留问题：
- 如果房屋建设时间较早，且当时的相关法律法规对规划审批的要求不如现在严格，那么可能存在一定的历史遗留问题。
- 在这种情况下，需要结合当时的法律法规和政策进行综合判断。
当地政策差异：
- 不同地区对农用地转非和规划审批的要求可能存在差异。
- 因此，在判断房屋合法性时，还需要考虑当地的具体政策和规定。
四、建议与措施
咨询当地规划部门：
- 如果您对房屋的合法性存在疑问，建议首先咨询当地的规划部门或相关政府部门，了解具体的规划审批要求和程序。
补办规划审批手续：
- 如果房屋建设确实符合规划要求，但只是由于某些原因未通过规划审批，那么可以尝试补办相关手续，使房屋合法化。
寻求法律帮助：
- 如果您在处理此类问题时遇到法律困难或纠纷，建议及时寻求专业的法律帮助，以维护自己的合法权益。
最后，农用地转非已经批准但规划未通过的情况下所盖房屋，一般而言是不合法的。不过，具体是否合法还需结合房屋建设的具体情况、当地政策以及相关法律法规进行综合判断。如果您对此类问题有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。