农业用地改变成工业用地，法院会根据具体情况作出不同处理，核心结论如下：

1. 若改变用途未经合法审批，法院会认定行为违法并可能责令恢复原状
   根据《土地管理法》第四十四条，建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，必须办理农用地转用审批手续。若未经审批擅自将农业用地改为工业用地，法院会认定该行为违反法律规定，可能判决行为人限期拆除地上建筑物、恢复土地原状，并处以罚款（罚款标准为耕地开垦费的2-5倍）。例如，某企业未办理审批手续在耕地上建厂房，法院最终判决拆除厂房并罚款。

2. 若改变用途已获合法审批但存在程序瑕疵，法院可能要求补办手续或确认效力
   若行为人已通过政府审批程序（如县级以上政府批准），但审批过程中存在程序瑕疵（如未公示、未听证），法院可能根据《行政诉讼法》第七十四条，判决确认审批行为违法但不撤销，同时要求行政机关补办手续。这种情况下，土地用途的改变可能被保留，但需完善合法程序。

3. 若改变用途涉及非法转让或出租，法院会没收违法所得并处罚款
   根据《土地管理法》第八十二条，擅自将农用地转让、出租用于非农业建设的，法院会没收违法所得，并对转让方、出租方处以违法所得50%以下的罚款。例如，某村民将耕地出租给他人建工厂，法院最终没收租金并罚款。

4. 若改变用途导致土地严重破坏，法院可能追究刑事责任
   根据《刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大且造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。例如，某企业非法占用基本农田5亩以上建厂，导致土地无法复垦，法院可能以“非法占用农用地罪”追究刑事责任。

建议：若涉及农业用地改工业用地，务必先向县级以上政府自然资源部门申请转用审批，确保程序合法。若已发生违法行为，建议尽快补办手续或与行政机关协商解决，避免法律风险升级。如有具体案件或细节需要分析，可直接向我咨询。