针对“非法侵占农用地开庭时土地已经成为建设用地如何处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若土地性质变更程序合法
   若土地从农用地变更为建设用地已依法完成审批手续（如取得农用地转用许可、征收批准文件、规划许可等），且变更行为本身符合《土地管理法》《城乡规划法》等规定，则原非法侵占农用地的行为可能因土地性质变更而失去“农用地”这一核心构成要件。此时，案件处理需重点审查：

   • 行为发生时土地性质：若侵占行为发生时土地仍为农用地，即使开庭时已变更，仍可能构成非法占用农用地罪（刑法第342条）或行政违法（如违反《土地管理法》第77条），但量刑或处罚幅度可能因土地现状调整；
     
   • 变更程序合法性：若变更程序存在瑕疵（如未依法办理转用手续、未缴纳土地出让金等），可能涉及其他违法问题（如非法转让土地使用权），但不影响原侵占行为的定性。
     

2. 若土地性质变更程序违法
   若土地变更未依法履行审批程序（如未经批准擅自占用农用地建设），则土地性质仍应认定为农用地，原侵占行为构成非法占用农用地罪或行政违法。此时需注意：

   • 行为持续性：若侵占行为持续至开庭时，可能构成“继续犯”，需以当前土地状态（实际用途）作为量刑或处罚参考；
     
   • 责任竞合：若变更行为涉及其他主体（如开发商、政府），可能需追究共同违法或滥用职权等责任，但不影响对原侵占行为的独立评价。
     

3. 关键证据与程序要点

   • 土地性质证据：需调取土地规划文件、审批手续、卫星遥感影像等，证明土地性质变更时间节点；
     
   • 行为与结果关联性：需证明侵占行为与土地现状的因果关系（如是否因侵占导致无法复垦）；
     
   • 法律适用：若涉及刑事犯罪，需结合《刑法》第342条及司法解释（如“数量较大”“造成耕地严重毁坏”的标准）；若为行政违法，需依据《土地管理法》第77-83条处理。
     

建议：若您是案件当事人或利害关系人，需尽快委托律师介入，通过申请调取土地档案、委托专业机构鉴定土地现状等方式固定证据，并针对土地性质变更的合法性提出抗辩或主张。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。