当您发现耕地被企业违法占用并变成了建设用地时，维护自身合法权益是至关重要的。以下是一套详细且有条理的维权指南，希望能帮助您有效应对这一问题：

一、确认占用行为的合法性

1. 审查批准文件：首先，您需要向占用方索要或查询相关政府部门，确认其是否有合法的农用地转用审批文件、建设用地批准书等。如果占用方无法提供这些文件，那么其占用行为很可能就是违法的。

2. 核对土地利用规划：同时，您可以咨询当地自然资源部门，核实占用行为是否符合土地利用总体规划。如果占用行为不符合规划，那么它同样是不合法的。

二、尝试协商解决

1. 直接沟通：在确认占用行为违法后，您可以尝试与占用方进行友好协商，明确要求其停止占用、恢复土地原状，并赔偿您的损失。

2. 第三方调解：如果直接协商没有结果，您可以寻求村委会、乡镇人民政府等第三方机构的帮助，通过调解来达成和解协议。

三、向相关部门举报投诉

1. 自然资源部门：一旦确认占用行为违法，您应立即向当地国土资源局等自然资源部门举报，请求他们查处这一违法行为。

2. 农业农村部门：同时，您也可以向农业农村部门反映情况，该部门将依据其职责采取相应措施来保护农业资源。

四、考虑法律救济途径

1. 行政复议：如果您对自然资源部门或其他相关部门的处理决定不满意，可以在规定时间内向上一级行政机关申请行政复议。

2. 行政诉讼：如果行政复议未能解决问题，或者您对复议决定仍然不服，那么您可以向人民法院提起行政诉讼，请求法院依法判决。

五、寻求民事赔偿

1. 收集证据：在维权过程中，您务必收集好相关证据，如土地承包合同、被占用土地的照片和视频、证人证言以及损失清单等。这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。

2. 提起民事诉讼：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求占用方赔偿您的经济损失。这包括农作物损失、土地恢复费用以及预期收益损失等。

总结与建议：

面对耕地被违法占用的情况，您应及时采取行动来维护自己的权益。首先尝试通过协商和调解来解决问题，同时积极收集证据以备不时之需。如果协商无果，那么您应果断向相关部门举报投诉，并考虑采取法律救济途径。在整个维权过程中，请保持冷静和理性，依法行事，确保自己的合法权益得到有效保护。