针对您提出的“非法占用农用地罪，村民委员会应该如何处理”的问题，这实际上涉及到了法律执行与村民自治组织的职责边界。首先，需要明确的是，村民委员会作为基层群众性自治组织，并不直接具备执法权，但在面对此类违法行为时，可以采取一系列积极措施来配合相关部门的工作并维护村集体利益。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：

一、发现与报告

1. 及时发现：村民委员会应加强对村内土地使用情况的日常巡查，一旦发现非法占用农用地的行为，应立即进行记录并核实情况。
2. 及时报告：确认违法行为后，村民委员会应迅速向当地县级以上人民政府自然资源主管部门报告，并提供详细的违法事实、地点、涉及人员等信息。

二、配合调查与取证

1. 协助调查：在自然资源主管部门进行调查时，村民委员会应积极配合，提供必要的协助，如带领执法人员到现场查看、提供相关证据材料等。
2. 保护现场：在调查期间，村民委员会应负责保护违法现场，防止证据被破坏或违法行为进一步扩大。

三、宣传教育与劝阻

1. 宣传教育：村民委员会应利用村内广播、宣传栏、村民大会等多种形式，加强对土地管理法律法规的宣传教育，提高村民的法律意识和保护土地资源的自觉性。
2. 劝阻违法行为：对于发现的非法占用农用地行为，村民委员会应及时进行劝阻，并告知违法行为的法律后果，引导村民自觉遵守法律法规。

四、参与处理与监督

1. 参与处理：在自然资源主管部门对违法行为进行处理时，村民委员会可以参与讨论处理方案，提出合理建议，确保处理结果既符合法律法规要求，又兼顾村集体利益。
2. 监督执行：村民委员会应监督处理决定的执行情况，确保违法者按时退还土地、拆除违法建筑、恢复土地原状等，并配合相关部门进行验收。

五、法律责任与后续管理

1. 法律责任：对于非法占用农用地的行为，违法者将依法承担法律责任，包括责令退还土地、限期拆除或没收建筑物、罚款、恢复种植条件等。若构成非法占用农用地罪，还将面临刑事处罚。
2. 后续管理：村民委员会应加强对村内土地使用的后续管理，建立健全土地使用监管机制，防止类似违法行为再次发生。同时，可以积极引导村民合理利用土地资源，发展符合当地实际的农业产业。

六、特殊情况处理

• 若涉及村民委员会成员：如果非法占用农用地的行为涉及村民委员会成员，村民委员会应立即向上级主管部门报告，并配合相关部门进行调查处理。同时，应召开村民大会或村民代表会议，讨论并决定对涉事成员的处理意见。

综上所述，村民委员会在面对非法占用农用地罪时，应积极履行发现、报告、配合调查、宣传教育、劝阻、参与处理与监督等职责，同时加强后续管理和特殊情况处理，以维护村集体利益和土地资源的合理利用。