当工程分包合同被认定为无效时，关于工程款的结算问题，我们需要依据相关的法律法规，并结合工程质量的实际情况来进行处理。以下是对此问题的详细解答：
一、主要法律依据
《中华人民共和国民法典》第七百九十三条第一款：
- 该条款明确指出，即使建设工程施工合同无效，但只要建设工程经验收合格，承包人或实际施工人仍有权要求参照原合同关于工程价款的约定进行折价补偿。这是为了保障承包人或实际施工人的合理投入和应得报酬。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》：
- 该解释中的多条条款，如第六条、第十四条、第二十四条和第四十三条，均对合同无效时的工程价款结算问题提供了详细的法律依据。它们涵盖了合同无效时的损失赔偿、工程验收不合格的处理、折价补偿的原则以及实际施工人的权益保护等方面。
二、具体处理方法
工程验收合格的情况：
- 在此情况下，承包人或实际施工人有权要求参照原合同约定的工程价款进行折价补偿。这是基于他们已完成的工作量且工程质量符合标准。
- 若双方无法就折价补偿达成一致，可以申请法院进行裁判，或者委托专业机构进行工程造价鉴定，以确保结算的公正性和准确性。
工程验收不合格但可修复的情况：
- 如果工程存在质量问题但可以通过修复达到合格标准，承包人需要承担修复费用。
- 修复后，若工程验收合格，承包人仍有权请求参照原合同约定支付工程价款，但需扣除已承担的修复费用。
工程验收完全不合格且无法修复的情况：
- 在此情况下，承包人无权要求参照原合同约定获得工程价款补偿。因为工程质量未达到标准，承包人未能履行其基本义务。
- 如果发包人对工程不合格存在过错（如提供了错误的施工图纸或指示），则发包人也需要承担相应的责任，可能需对承包人进行部分赔偿。
实际施工人的权益保护：
- 实际施工人在合同无效的情况下，仍然享有向发包人主张权利的权益。他们可以直接向发包人要求支付工程款，但发包人的支付范围限于其欠付转包人或违法分包人的工程款范围内。
- 法院在处理此类案件时，会追加转包人或违法分包人为第三人，以确保查清事实并作出公正裁决。
三、其他注意事项
- 在处理工程分包合同无效时的价款结算问题时，应充分考虑工程质量的实际情况、合同的具体约定以及相关法律法规的规定。
- 双方应首先尝试通过协商来解决问题，以达成互利共赢的结果。如果协商不成，可以寻求法律专业人士的帮助，通过法律途径来维护自己的权益。
综上所述，工程分包合同无效时的工程款结算问题是一个复杂而细致的过程，需要依据相关法律法规和工程质量的实际情况来进行处理。通过遵循公平、等价有偿的原则，我们可以确保双方利益得到合理平衡，维护建筑市场的公平与正义。