入职三年后才交社保存在诉讼期限问题，诉讼时效一般为三年，但存在特殊情形。具体分析如下：

1. 诉讼时效的基本规定
   根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在社保纠纷中，若员工发现公司未依法缴纳社保，通常从“知道或应当知道权益受损之日”（如离职时、查询社保记录时）起算三年诉讼时效。

2. 社保纠纷的特殊性

   • 行政救济优先：社保缴纳问题属于行政法律关系，员工应先向当地社保部门（如社保局、劳动监察大队）投诉，要求公司补缴社保。社保部门有权责令公司补缴，且不受诉讼时效限制（即无论公司拖欠多久，社保部门均可追缴）。
     
   • 民事赔偿的诉讼时效：若员工因公司未缴社保遭受损失（如无法享受医保报销、失业金损失等），可要求公司赔偿。此时适用三年诉讼时效，从损失发生或员工知道损失之日起算。

3. 诉讼时效的中断与延长

   • 中断情形：若员工在三年内通过书面催告、投诉、仲裁等方式主张权利，诉讼时效可中断并重新计算。例如，员工向公司发送书面要求补缴社保的通知，或向劳动监察部门投诉，均可中断时效。
     
   • 最长保护期：自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护（特殊情况可申请延长）。

4. 实务建议

   • 及时维权：发现公司未缴社保后，应尽快向社保部门投诉或通过法律途径解决，避免超过时效。
     
   • 保留证据：保存劳动合同、工资记录、社保查询记录等证据，以证明公司未依法缴纳社保的事实。
     
   • 综合救济：可同时要求公司补缴社保（行政途径）和赔偿损失（民事途径），以最大限度维护权益。

总结：入职三年后才交社保的纠纷中，若通过行政途径追缴社保，不受三年诉讼时效限制；若要求民事赔偿，则适用三年诉讼时效，但可通过主张权利中断时效。建议尽快采取行动，并咨询专业律师制定具体方案。