结论：漏打卡但实际没有迟到，公司扣工资是否合法，需分情况讨论。一般来说，若公司规章制度合法且已明确告知员工，同时员工确实存在漏打卡行为，公司可能依据规定扣减工资；但若公司规章制度不合法或未告知员工，或者员工能证明自己未迟到，则公司扣工资可能不合法。
分析：
公司规章制度合法且已告知员工：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若公司规章制度中明确规定了漏打卡的处罚措施，且该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知了员工，那么员工漏打卡时，公司可能依据规定扣减工资。但需要注意的是，扣减的工资数额应当合理，不能违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准等。
公司规章制度不合法或未告知员工：
- 如果公司规章制度未经过民主程序制定，或者未公示、未告知员工，那么该规章制度对员工不具有约束力。此时，公司以漏打卡为由扣减工资，可能构成违法扣减工资，员工有权要求公司补发工资。
员工能证明自己未迟到：
- 如果员工能够提供证据证明自己虽然漏打卡，但实际上并未迟到，如通过监控录像、同事证言等方式证明，那么公司扣减工资的行为可能缺乏事实依据，员工有权要求公司补发工资。
建议：
- 对于员工：如果遇到公司以漏打卡为由扣减工资的情况，首先应当查看公司规章制度，了解相关规定。如果认为公司规章制度不合法或未告知自己，或者自己能证明未迟到，可以与公司协商要求补发工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：应当制定合法、合理的规章制度，并确保经过民主程序制定并公示或告知员工。在处理漏打卡等违纪行为时，应当依据事实和规章制度进行，避免违法扣减工资引发劳动纠纷。
后续行动：如果您或您所在的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。