结论前置：漏打卡但是正常上班的情况下，用人单位直接扣工资通常是不合法的，除非公司的规章制度有明确规定且该规定合理合法。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
一、法律层面分析
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者正常提供了劳动，用人单位就应当支付相应的工资，打卡仅是考勤管理的一种方式，并非判定出勤的唯一标准。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步明确了劳动者获取劳动报酬的权利，用人单位不得随意克扣。
二、规章制度层面分析
规章制度合法且合理：如果用人单位的规章制度明确规定了漏打卡要扣工资，并且该规章制度是依法制定的（经过了民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），且已向劳动者公示或告知，同时扣薪标准合理（如每次漏打卡扣除当天工资的一小部分作为处罚，且扣除后工资不低于最低工资标准），那么在这种情况下，按照规章制度扣工资在一定程度上是合法的。但即便如此，如果劳动者能提供证据证明自己正常出勤（如同事证言、工作成果展示、监控记录等），用人单位仍应支付全额工资。
规章制度违法或不合理：若用人单位没有关于漏打卡扣工资的相关规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未向员工公示告知，或者规定的扣薪标准过高、明显不合理，那么以此为由扣工资是不合法的。
三、实际损失层面分析
如果劳动者的漏打卡行为确实给用人单位造成了经济损失，如影响生产进度、工作交接等，用人单位可根据损失情况和劳动者过错程度，在合理范围内扣除工资作为赔偿。但这种情况下，用人单位需要承担举证责任，证明漏打卡行为与经济损失之间的因果关系以及损失的具体数额。
四、劳动者应对措施
沟通协商：首先与公司进行沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据，并要求公司提供相应的规章制度文本。在沟通过程中，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和理由。
投诉举报：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令用人单位限期支付工资。
法律途径：依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。在申请仲裁或提起诉讼时，劳动者需要提供充分的证据证明自己的主张，如工资条、考勤记录、工作成果等。
五、总结与建议
漏打卡但是正常上班的情况下，用人单位直接扣工资通常是不合法的。劳动者应了解自己的权益和应对措施，在遇到此类问题时积极采取措施来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应确保其规章制度的合法性和合理性，避免不必要的法律纠纷。如果双方能够加强沟通和理解，共同构建和谐稳定的劳动关系，将更有利于企业的长远发展和劳动者的个人成长。
如果你还有其他关于劳动纠纷的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。