结论：公司能否收取应届生违约金，需根据具体情况判断，并非所有情况下公司都能收取。
分析如下：
三方协议与违约金条款：
- 三方协议是应届生、公司和学校三方签订的就业意向协议，具有预约合同的性质。它本身并不等同于劳动合同，但为后续签订劳动合同奠定了基础。
- 关于违约金条款，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，除服务期和竞业限制条款外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。然而，三方协议并非劳动合同，因此其违约金条款的效力需结合具体情况判断。
- 在实践中，如果三方协议中的违约金条款是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款可能是有效的。但应届生有权在签订劳动合同时，就违约金条款与公司进行协商，甚至拒绝签订含有不合理违约金条款的劳动合同。
应届生补充协议中的违约金：
- 应届生补充协议是公司与应届生在三方协议基础上签订的补充协议，其内容应受《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的约束。
- 如果补充协议中的违约金条款违反了法律法规的强制性规定（如约定了除服务期和竞业限制外的其他违约金），或者该条款显失公平、存在欺诈、胁迫等情形，那么该条款可能是无效的。
- 5000元的违约金数额是否合理，也需结合具体情况判断。如果该数额过高，超出了公司因应届生违约可能遭受的实际损失，那么应届生有权要求降低违约金数额。
公司收取违约金的合法性：
- 公司能否收取违约金，最终取决于违约金条款的效力以及应届生的违约行为是否给公司造成了实际损失。
- 如果违约金条款有效，且应届生的违约行为确实给公司造成了实际损失，那么公司有权按照约定收取违约金。但公司需承担举证责任，证明其实际损失与应届生的违约行为之间存在因果关系。
- 如果违约金条款无效，或者应届生的违约行为并未给公司造成实际损失，那么公司无权收取违约金。
建议：
- 对于应届生而言，在签订三方协议和应届生补充协议时，应仔细阅读协议条款，特别是违约金条款，确保自己能够接受并理解其含义。如有疑问，应及时向公司或法律专业人士咨询。
- 如果公司要求收取违约金，应届生应要求公司出具相关证据，证明其实际损失与自己的违约行为之间存在因果关系。如果公司无法提供充分证据，应届生有权拒绝支付违约金。
- 若双方就违约金问题产生争议，应届生可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
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