应届生三方协议中约定的五万元违约金是否合法，需结合具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况分析
专项培训服务期约定
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且应按服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用计算。
- 实例说明：若用人单位为应届生提供了价值远超五万元的专业技术培训，并约定了相应的服务期，那么应届生在违反服务期约定时，可能需要支付的违约金会接近或超过五万元，但这种情况较为特殊，且违约金数额仍需受培训费用和服务期未履行部分的限制。然而，在大多数情况下，五万元的违约金可能远超实际培训费用和服务期未履行部分所应分摊的费用，因此可能被视为不合理。
竞业限制条款约定
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 实例说明：若应届生因工作性质可能接触用人单位的核心技术和商业机密，用人单位在三方协议中约定了竞业限制条款及相应的违约金，且该违约金数额在合理范围内（通常不会高达五万元，除非涉及特别重要的商业秘密或技术），则可能被视为合法。但五万元的违约金在竞业限制条款中同样可能被视为过高，除非能证明其合理性。
二、不合法情况分析
- 除法定情形外约定违约金
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条，除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 实例说明：若三方协议中仅因担心应届生提前离职而约定五万元违约金，且未提供专项培训费用或约定竞业限制条款，则该违约金条款是不合法的。应届生有权拒绝支付此类违约金，并可在必要时通过法律途径维护自己的权益。
三、其他注意事项
违约金上限认知：虽然法律未明确规定应届生三方协议中违约金的最高限额，但违约金的数额应当合理，不得过高。五万元的违约金在大多数情况下可能被视为过高，除非能证明其合理性（如涉及特别重要的培训或商业秘密）。
三方协议的性质：三方协议属于预约合同，非正式劳动合同。其中约定的违约金条款同样需遵循公平、合理原则。若三方协议中约定的违约金超过合理范围且无合理依据，可能被视为显失公平，应届生有权请求调整或拒绝支付。
四、建议
- 仔细阅读条款：应届生在签订三方协议时，务必仔细阅读条款内容，特别是关于违约金的约定。了解自己的权利和义务，避免盲目签订。
- 咨询法律专业人士：对于违约金等关键条款，若存在疑问或不确定其合法性，建议咨询法律专业人士（如我）以确保自身权益不受侵害。
- 保留证据：在签订协议和履行过程中，注意保留相关证据（如培训记录、竞业限制协议等），以便在发生争议时维护自己的权益。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。