关于应届毕业生违约金两万是否合法的问题，需结合具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况分析：
- 专项培训服务期约定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金，但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且应按服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用计算。
- 实例说明：若某企业为应届生提供价值远超两万元的专业技术培训，并约定了相应的服务期。若应届生在服务期内提前离职，根据剩余服务期分摊的培训费用，可能需支付两万元或更少的违约金，这种情况下约定两万元违约金是合法的。但若培训费用远低于两万元，则约定两万元违约金可能不合法。
- 竞业限制条款约定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并约定竞业限制条款及经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 实例说明：若某科技公司招聘应届生，因其可能接触核心技术和商业机密，故在劳动合同中约定了竞业限制条款及两万元违约金。若应届生违反该约定，公司要求其支付两万元违约金是合法的。
不合法情况分析：
- 除法定情形外约定违约金：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条，除专项培训服务期和竞业限制两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 实例说明：若某公司在与应届生签订劳动合同时，未提供专项培训费用或约定竞业限制条款，仅因担心应届生提前离职而约定两万元违约金，则该违约金条款是不合法的。
其他注意事项：
- 违约金上限的认知：虽然通常认为应届生违约金应有一个合理的上限，但这并非法律强制性规定，而是基于惯例和公平原则的一种普遍认知。实际操作中，违约金的数额应当合理，不得过高，否则可能被视为显失公平。
- 三方协议中的违约金：三方协议（即就业协议）属于预约合同，非正式劳动合同。其中约定的违约金条款同样需遵循公平、合理原则。若三方协议中约定的违约金超过合理范围且无合理依据，可能被视为显失公平，应届生有权请求调整。
建议：
- 应届生在签订任何协议或合同时，务必仔细阅读条款内容，特别是关于违约金的约定，了解自己的权利和义务。
- 对于违约金等关键条款，应特别关注其是否符合法律法规的规定，并在必要时寻求法律专业人士的帮助，以确保自身权益不受侵害。
- 若遇到不合理的违约金条款，应届生有权与用人单位进行协商，或通过法律途径维护自己的合法权益。
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