公司和毕业生签订的两方协议中约定违约金是否违法，需分情况讨论：
若违约金条款针对的是服务期或竞业限制：
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定服务期或竞业限制条款的，可以约定违约金。但这类约定通常出现在劳动合同中，且需满足特定条件（如用人单位提供了专项培训费用、对劳动者进行了专业技术培训，或者约定了竞业限制条款并支付了经济补偿）。
- 两方协议中的适用性：如果两方协议中明确约定了服务期或竞业限制，并且符合《劳动合同法》的规定，那么约定违约金是合法的。但需注意，两方协议并非劳动合同，其法律效力及具体条款的合法性可能需结合具体情况及地方性法规来判断。不过，从原则性规定出发，若满足上述条件，可视为合法约定。
若违约金条款并非针对服务期或竞业限制：
- 一般原则：在普通的两方协议（如就业意向协议、实习协议等）中，除非法律另有规定或双方另有约定，否则一般不得约定违约金。这是因为违约金条款通常被视为对劳动者自由择业权的一种限制，需要法律特别授权或双方特别约定才能生效。
- 违法性判断：如果两方协议中的违约金条款并非针对服务期或竞业限制，而是针对其他事项（如毕业生单方面解除协议、未按时报到等），那么这类条款很可能被视为违法或无效。因为这类约定缺乏法律依据，且可能侵犯劳动者的合法权益。
法律建议：
- 对于公司：在签订两方协议时，应谨慎约定违约金条款。如果确实需要约定违约金，应确保该条款符合《劳动合同法》的规定，且针对的是服务期或竞业限制等特定事项。同时，应在协议中明确违约金的计算方式、支付条件等具体内容，以避免后续纠纷。
- 对于毕业生：在签订两方协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的约定。如果认为违约金条款不合法或不合理，可以与公司协商修改或拒绝签订。如果已经签订了含有违法违约金条款的协议，可以在后续纠纷中主张该条款无效或请求法院调整违约金数额。
可能后果：
- 如果公司约定的违约金条款违法或无效，那么在发生纠纷时，法院可能不会支持公司要求毕业生支付违约金的请求。相反，如果毕业生的行为确实构成了违约，且协议中有合法有效的违约金条款，那么毕业生可能需要按照协议约定支付违约金。
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