企业和毕业生签订协议约定违约金是否合法，需分情况讨论：

1. 服务期约定与违约金
   根据《劳动合同法》第二十二条，企业为毕业生提供专项培训费用（如专业技能培训、海外研修等），并约定服务期的，可以约定违约金。但违约金的数额不得超过企业提供的培训费用，且企业要求毕业生支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。例如，企业支付了3万元培训费，约定服务期为3年，毕业生工作1年后离职，则最多需支付2万元违约金（剩余2年分摊费用）。

2. 竞业限制约定与违约金
   若毕业生属于高级管理人员、高级技术人员或其他负有保密义务的人员，企业可与其约定竞业限制条款（如离职后2年内不得到竞争对手处工作），并约定违约金。但竞业限制期限不得超过2年，且企业需在竞业限制期内按月支付经济补偿（通常为离职前工资的30%-50%）。若企业未支付补偿，毕业生有权拒绝履行竞业限制义务，且无需支付违约金。

3. 其他情形下的违约金约定
   除上述两种情形外，企业与毕业生约定的其他违约金条款（如“未工作满X年需支付违约金”“未提前通知离职需支付违约金”等）均属违法，毕业生无需履行。例如，企业以“未工作满1年离职需支付5000元违约金”为由要求毕业生支付，该条款因违反《劳动合同法》第二十五条而无效。

法律建议：

• 毕业生签订协议前，需仔细审查违约金条款是否符合法定情形，避免因不了解法律而承担不必要的义务。
  
• 若企业要求支付违法违约金，毕业生可拒绝支付，并通过劳动仲裁维护权益。
  
• 企业若需约定违约金，应确保条款合法（仅限服务期或竞业限制），并明确计算方式（如培训费分摊规则），避免因条款模糊引发纠纷。
  

温馨提示：
劳动法律问题常涉及细节（如培训费凭证、竞业限制范围等），若您或身边人遇到类似纠纷，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您分析维权方案。