三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据与违约金上限原则
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但同时规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，虽然法律没有直接规定三方协议中违约金的具体上限，但违约金数额应与违约造成的损失相匹配，不得过分高于实际损失。
二、违约金合理性的考量因素
实际损失：
- 违约金的主要目的是补偿守约方因违约行为所遭受的实际损失。因此，在判断违约金是否合理时，应首先考虑违约行为可能给守约方造成的实际损失。
- 例如，若毕业生违约导致用人单位不得不重新招聘，并因此产生了额外的招聘成本、培训成本等，这些成本应作为判断违约金合理性的重要依据。
违约方的过错程度：
- 违约方的过错程度也是判断违约金合理性的重要因素。如果违约方是故意违约或重大过失违约，那么较高的违约金可能被视为合理。
- 相反，如果违约方是轻微过失或不可抗力导致的违约，那么过高的违约金可能被视为不合理。
行业惯例与交易习惯：
- 在某些行业或特定领域，可能存在普遍认可的违约金标准。如果5000元以上的违约金在该行业内是常见且合理的，结合其他因素，这种约定也可能被认定为合法。
- 但行业惯例和交易习惯只能作为参考依据，并非决定性因素，仍需结合具体案例情况进行分析。
三、特定情形下的违约金限制
应届毕业生三方协议：
- 对于应届毕业生不履行三方协议的情况，虽然法律没有直接规定违约金的上限，但通常认为最高违约金一般不超过5000元（这一标准并非法律强制规定，而是行业惯例或地方性规定）。企业不履行协议时，同样适用此标准。
- 如果约定的违约金超过此数额，且无正当理由，违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少。
劳动合同法中的特定情形：
- 在《劳动合同法》规定的培训服务期和竞业限制情形下，用人单位可与劳动者约定违约金。但除这些特定情形外，用人单位通常不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 如果三方协议中的违约金条款违反了这些特定规定，那么该条款将被视为无效。
四、实际案例与判断标准
- 案例一：若毕业生违约导致用人单位多支出了6000元的招聘成本，那么约定5000元以上的违约金可能被认为合理，因为这与实际损失相匹配。
- 案例二：若毕业生违约并未给用人单位带来实质性经济损失，只是轻微影响了工作安排，那么过高的违约金约定（如超过1万元）可能不会得到支持，因为这与实际损失不相匹配。
五、建议与总结
签订协议前的建议：
- 在签订三方协议前，各方应仔细审查违约金条款，确保其符合法律法规的要求，并且数额合理、违约情形明确。
- 可以咨询专业律师或法律顾问，以确保协议的合法性和有效性。
面临纠纷时的建议：
- 如果面临违约金纠纷，应及时收集相关证据（如实际损失证明、违约情形证明等），以便在诉讼或仲裁过程中维护自身权益。
- 可以根据具体情况向法院或仲裁机构申请调整违约金数额，以确保其合理性。
总结：三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据协议的具体内容、违约金的合理性、实际损失以及是否违反法律法规的强制性规定等多重因素进行综合判断。在签订协议时，建议各方充分协商并明确违约金条款；在面临纠纷时，应及时咨询并寻求法律帮助。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。