三方协议中约定1万元违约金是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法情形
平等自愿协商一致：
- 若三方协议中的违约金条款是在各方平等、自愿、协商一致的基础上达成的，且不违反法律法规的强制性规定，那么该违约金条款通常是合法有效的。
- 例如，在毕业生就业协议中，用人单位、毕业生和学校三方就违约责任进行了明确约定，且该约定符合相关法律法规的规定，那么1万元的违约金就是合法的。
存在合理依据：
- 如果违约金约定是为了保障合同的履行，且在合理范围内，同时不存在显失公平等违法情形，那么该违约金约定也是合法的。
- 例如，用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并约定了服务期，劳动者在服务期内违约的，按照约定支付违约金是合理且合法的。同样，如果劳动者违反竞业限制约定，给用人单位造成损失的，约定相应违约金也是合法的。
二、可能不合法情形
缺乏合理依据：
- 如果三方协议中的违约金约定缺乏合理依据，只是单纯限制劳动者自由择业等，那么该违约金约定可能会被认定为无效。
- 例如，有些用人单位为了限制毕业生跳槽，在三方协议中约定了高额的违约金，但并未提供相应的培训或服务，这种约定就可能缺乏合理依据。
违约金过高：
- 根据相关法律规定，如果违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
- 例如，如果因为毕业生的违约行为给用人单位造成的实际损失只有几千元，但三方协议中约定的违约金却高达1万元，那么这种约定就可能被认定为过高，当事人有权请求减少。
三、法律建议
审查协议内容：
- 在签订三方协议前，务必仔细审查协议内容，特别是关于违约金的条款。确保该条款是在平等、自愿、协商一致的基础上达成的，且符合相关法律法规的规定。
评估违约金合理性：
- 评估违约金的合理性，考虑其是否与实际损失相符。如果认为违约金过高或缺乏合理依据，可以与对方协商修改或拒绝签订该协议。
寻求法律帮助：
- 如果对三方协议中的违约金条款有疑问或争议，建议及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案。
总结来看，判断三方协议中1万元违约金是否合法，需要综合考量协议签订背景、违约金与实际损失的关系等多方面因素。如果您对三方协议中的违约金条款有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。