结论：编制调走但工资关系未转的情况下，乡镇补贴能否停发需分情况讨论，主要取决于补贴发放的依据、编制调动性质及地方具体政策。以下从不同角度展开分析：

1. 若乡镇补贴与“编制所在地”直接挂钩

根据《公务员法》《事业单位人事管理条例》及地方财政补贴政策，乡镇补贴通常属于“地区性津贴”，发放对象为“在乡镇实际工作且编制归属乡镇”的人员。若您的编制已调离乡镇（如调至县级部门），即使工资关系暂未转移，原则上乡镇补贴应停发，因为补贴的发放条件已不满足（编制不在乡镇）。
例外情形：若地方政策明确规定“编制调动后一定期限内（如3个月）可继续享受原补贴”，则需按政策执行；但此类规定较少见，需以当地财政、人社部门文件为准。

2. 若乡镇补贴与“工资关系所在地”直接挂钩

若地方将乡镇补贴的发放条件设定为“工资关系在乡镇”（而非编制），则即使编制已调走，只要工资关系未转出，乡镇补贴可能仍需发放。但这种情况较为特殊，需结合地方具体政策判断。
实践建议：查询当地《乡镇工作补贴实施办法》或咨询人社部门，明确补贴发放的依据是“编制”还是“工资关系”。

3. 编制调动性质的影响

• 正式调动：若编制已通过组织、人社部门正式调动手续调离乡镇，即使工资关系滞后，补贴通常应停发；
  
• 借调或临时抽调：若编制未正式调离（如仅借调至上级部门），且工资关系仍在乡镇，则补贴一般不应停发，但需以借调文件或单位内部规定为准。

4. 操作层面的建议

1. 核实地方政策：通过当地政府官网、人社局或财政局查询乡镇补贴的具体发放条件；
   
2. 与单位沟通：向现单位（编制调入方）和原单位（工资关系所在方）确认补贴发放的依据及流程；
   
3. 保留证据：若认为补贴不应停发，保留编制调动文件、工资关系证明、补贴发放记录等材料，以备维权。

总结：乡镇补贴能否停发需结合补贴发放依据、编制调动性质及地方政策综合判断。若您对具体政策或操作流程有疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在省份的具体规定进一步分析。