核心结论：员工拿了公司3900元离职，公司可依据具体情况通过协商、内部处理、民事诉讼或刑事控告等途径解决，具体如下：

1. 明确款项性质与证据收集

   • 款项性质：首先需明确3900元的具体性质，是员工借款、预支工资、侵占公司财物还是其他类型款项。若为借款或预支工资，需核查相关合同、借条或审批流程；若为侵占，则需证明员工通过非法手段占有公司财物。
   • 证据收集：收集与款项相关的所有证据，包括但不限于转账记录、借条、审批单、监控录像、证人证言等。证据需形成完整链条，以证明员工非法占有公司财物的事实。

2. 协商与内部处理

   • 协商解决：在证据充分的情况下，可尝试与员工协商，要求其归还款项。协商过程中，可明确告知员工其行为可能构成的法律责任，以促使其主动归还。
   • 内部处理：若员工拒绝归还，公司可根据内部规章制度（如员工手册、财务管理制度等）对其进行处理，包括但不限于警告、记过、解除劳动合同等。但需注意，内部处理需符合法律法规及公司规章制度的规定，避免侵犯员工合法权益。

3. 民事诉讼途径

   • 起诉条件：若协商与内部处理无果，公司可向法院提起民事诉讼，要求员工归还非法占有的款项。起诉时需提交起诉状、证据材料等，并符合民事诉讼法规定的起诉条件。
   • 诉讼结果：若法院认定员工行为构成不当得利或侵占，将判决员工归还款项，并可能承担诉讼费用。若员工拒不执行判决，公司可申请强制执行。

4. 刑事控告途径（如构成犯罪）

   • 犯罪构成：若员工拿走的3900元达到当地盗窃罪的立案标准（一般为一千元至三千元以上，具体标准因地区而异），且证据充分，公司可向公安机关报案，控告员工涉嫌盗窃罪。
   • 刑事程序：公安机关立案后，将进行侦查、取证等工作。若证据确凿，将移送检察院审查起诉。若法院认定员工构成犯罪，将依法判处刑罚，并可能责令退赔公司损失。

行动建议：

• 立即行动：发现员工非法占有公司财物后，应立即采取行动，避免证据灭失或员工转移财产。
• 专业协助：在处理过程中，可咨询专业律师，以确保处理方式的合法性与有效性。律师可协助收集证据、起草法律文书、参与协商或诉讼等。
• 完善制度：事后应完善公司财务管理制度，加强员工法律意识培训，以预防类似事件再次发生。