结论：纪委要求缴款时，款项中包含未知税款的情况是否会被认定，需结合具体款项性质、税款种类及纪委调查目的综合判断。以下从不同角度展开分析：

一、纪委缴款要求的法律性质

纪委作为党内监督机关，其要求缴款的行为通常基于以下两种情形：

1. 违纪所得追缴
   若款项被认定为违纪所得（如贪污、受贿、挪用公款等），根据《中国共产党纪律处分条例》第四十条，需全额追缴，包括本金及孳息。此时，税款是否扣除需分情况：

   • 税款已实际缴纳：若违纪所得中已包含依法缴纳的税款（如企业利润中的所得税），追缴时应扣除已缴税款部分，仅追缴违法所得净额。
   • 税款未缴纳或逃避缴纳：若违纪行为涉及偷逃税款（如通过虚假申报少缴税款），纪委可能要求补缴税款及滞纳金，并将偷逃税款部分纳入违纪所得追缴范围。

2. 涉案财物处理
   若款项涉及刑事犯罪（如职务侵占、受贿罪），根据《刑事诉讼法》第二百八十二条，法院判决生效后，涉案财物需返还被害人或上缴国库。此时，税款处理需以税务机关认定为准：

   • 税务机关已作出处理：若税务机关已对涉案款项的税款问题作出行政处理（如补税、罚款），纪委或司法机关需尊重税务机关的结论，仅追缴违法所得净额。
   • 税务机关未处理：纪委可能暂扣款项，并移交税务机关核查税款问题，最终追缴金额以税务机关认定为准。

二、未知税款的处理原则

若款项中包含“未知税款”（即当事人主张部分款项为应纳税但未明确申报的税款），需遵循以下原则：

1. 举证责任在当事人
   根据“谁主张，谁举证”原则，当事人需提供证据证明款项中包含应纳税款（如合同、发票、税务申报记录等）。若无法举证，纪委可能将全部款项认定为违纪所得或涉案财物。

2. 税务机关的优先认定权
   税款问题属于税务机关行政职权范围。纪委在调查中若发现款项可能涉及税款，通常会暂停处理并移交税务机关核查。税务机关出具的《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》是认定税款的关键依据。

3. 合理扣除原则
   即使款项中包含应纳税款，也需区分合法与非法部分：

   • 合法税款：如企业依法应缴纳的增值税、企业所得税等，可从违纪所得中扣除，仅追缴违法所得净额。
   • 非法税款：如通过虚开发票、隐瞒收入等方式逃避的税款，不仅不能扣除，还可能构成逃税罪，需与原违纪行为并罚。

三、实务建议

1. 主动配合调查并说明情况
   若纪委要求缴款，当事人应主动说明款项性质，并提供税款相关证据（如完税证明、纳税申报表等），避免款项被全额认定为违纪所得。

2. 申请税务机关介入核查
   若对税款问题存在争议，可建议纪委委托税务机关核查，确保税款认定合法、准确。

3. 区分行政责任与刑事责任
   即使款项被认定为违纪所得，也不必然构成刑事犯罪。若涉及刑事犯罪，需由司法机关审理，此时税款问题可能作为量刑情节考虑（如逃税金额影响刑期）。

总结：纪委要求缴款时，未知税款是否会被认定需以证据和税务机关结论为准。当事人应积极举证并配合调查，必要时申请税务机关介入，以确保款项性质认定合法、公正。如有进一步疑问，可直接向我咨询婚姻家庭或债权债务领域的法律问题。