结论：协议中约定双方签字按指印生效，若仅指印模糊，通常不会影响合同的效力，但需结合具体情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面：按指印与签字、盖章具有同等法律效力

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，在法律上，按指印被视为一种有效的签名方式，与签字、盖章具有同等的法律效力。因此，即使指印模糊，只要能够确认是当事人本人所按，且合同其他方面符合法律规定，合同依然可以成立并生效。

实际案例佐证：指印模糊不影响合同效力的情况

在实际司法实践中，存在许多指印模糊但合同依然被认定有效的案例。例如，有些当事人由于手指湿润、印泥质量不佳等原因导致指印模糊，但只要能够通过其他证据（如签字、合同履行情况等）证明合同是双方真实意思表示，且不存在其他影响合同效力的因素，法院通常会认定合同有效。

影响合同效力的特殊情况

尽管指印模糊通常不会影响合同效力，但在某些特殊情况下，合同的效力可能受到影响：

1. 民事行为能力问题：

   • 如果按指印的人是无民事行为能力人（如不满八周岁的未成年人或不能辨认自己行为的成年人），其独立实施的民事法律行为无效。此时，即使指印清晰，合同也可能因当事人不具备民事行为能力而无效。
   • 限制民事行为能力人（如八周岁以上的未成年人或不能完全辨认自己行为的成年人）实施的与其年龄、智力、精神健康状况不相适应的民事法律行为，未经法定代理人同意或追认，也可能无效。

2. 意思表示不真实：

   • 如果按指印是在受到欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下进行的，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该合同。此时，指印的清晰度不是关键，关键是意思表示是否真实。
   • 存在重大误解时，当事人也可以请求撤销合同。

3. 协议内容违法或违反公序良俗：

   • 协议内容如果违反法律法规的强制性规定，或违背社会公德和公共利益，即使指印清晰，该合同也是无效的。

签订协议时的注意事项

为确保协议的有效性和可执行性，在签订协议时应注意以下几点：

1. 确保指印清晰可辨：虽然指印模糊通常不会影响合同效力，但为了减少不必要的纠纷，建议使用专用的印泥或印油，并确保指印清晰、完整。
2. 综合考量其他因素：除了按指印外，还需考虑协议内容是否合法、双方是否具有相应的民事行为能力、是否存在欺诈或胁迫等情形。
3. 建议多种方式结合使用：为增强协议的法律效应，可以考虑同时采用签字、盖章与按指印等多种签署方式。

总结与建议：协议中约定双方签字按指印生效，若仅指印模糊，通常不会影响合同的效力。但为确保合同的有效性和可执行性，建议在签订协议时采取必要的措施来加强协议的法律保障，如确保指印清晰可辨、综合考量其他因素、采用多种签署方式等。如果你在合同纠纷方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。