协议上没写签字按手印生效，但实际签字按手印了，该协议在一般情况下是有效的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律基础与核心要素
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确指出了签名、盖章和按指印三种方式在法律上具有同等的效力，都是合同成立的有效方式。
核心要素：
- 合法性：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
- 真实性：当事人在签订协议时的意思表示必须真实，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。
- 民事行为能力：签订协议的当事人应具备理解协议内容、预见行为后果并独立进行民事活动的能力。
- 形式要求：虽然签名、盖章、按手印具有同等法律效力，但特定情况下，法律或当事人可能要求特定形式。不过，在协议未明确约定必须按手印的情况下，签字即足以使协议成立。
二、具体分析
签字的有效性：
- 签字是当事人真实意思表示的一种体现形式。只要协议内容是双方自愿协商达成的，不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方都具有相应的民事行为能力，那么即使协议上只有签字而没有手印，该协议也是有效的。
按手印的作用：
- 按手印在法律上并非合同成立的必要条件，但它可以作为一种辅助手段，增强协议的证明力。在某些情况下，如当事人签字可能存在争议或难以辨认时，按手印可以提供额外的身份确认依据。然而，在签字清晰可辨且符合法定要件的情况下，无需额外通过按手印来确认合同效力。
特殊情况的考量：
- 如果当事人在协议中明确约定必须同时签字并按手印协议才生效，那么此时仅有签字而没有手印，协议可能不满足生效条件。但这种情况属于当事人之间的特别约定，并非法律强制性规定。
三、实际案例与法律建议
实际案例：
- 以房屋租赁合同为例，甲和乙签订了一份租赁合同，双方仅在合同上签字确认，没有按手印。后甲以合同没有按手印为由主张合同无效并拒绝履行。在此情况下，法院通常会认定该租赁合同有效，因为双方均具有相应的民事行为能力，签订合同是双方真实意思的表示，合同内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，且签字作为合同成立的一种方式已足够使合同生效。
法律建议：
- 为了确保协议的法律效力和避免后续可能出现的纠纷，建议在签订协议时，最好还是按照法律规定的形式和要求来履行相关的手续，如签字、盖章等。如果条件允许，可以同时按手印以增强协议的证明力。
- 确保协议内容清晰明确，无歧义，并仔细阅读并理解协议中的全部条款，特别是关于生效条件的约定。
- 妥善保管好协议原件，以备不时之需。在协议执行过程中，如有任何疑问或争议，应及时咨询专业律师以得到准确的解答和帮助。
综上所述，协议上没写签字按手印生效，但实际签字按手印了，该协议在一般情况下是有效的。但为了确保协议的法律效力和避免纠纷，建议按照法律规定的形式和要求来签订和保管协议。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。