双方签订协议书并签字按指印，在符合法律规定的情况下，是有效的。不过，协议书的有效性并非仅由签字和按指印这一行为决定，还需综合考虑多个因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：

   • 签订协议的双方必须具备能够独立实施民事法律行为的资格。对于自然人而言，这通常意味着他们必须年满18周岁且精神健康，或者虽未满18周岁但以自己的劳动收入为主要生活来源。对于法人和非法人组织，则应在其核准登记的经营范围内或法律规定的权限范围内签订协议。

2. 意思表示真实：

   • 协议必须是双方自愿、平等协商的结果，且表示与内心真实意愿一致。如果存在欺诈、胁迫等不正当手段导致一方在非自愿情况下签订协议，那么该协议可能被撤销或认定无效。

3. 协议内容合法合规：

   • 协议内容不得违反国家法律法规的强制性规定，也不能损害社会公共利益或他人合法权益。例如，买卖毒品的协议因违反刑法而无效。同时，协议内容也不得违背社会公序良俗，如签订限制他人婚姻自由的协议即属此例，同样将被视为无效。

4. 签字与按指印的真实性：

   • 签字和按指印是对协议内容的确认和认可。只要双方当事人都具有完全民事行为能力，并且签字按指印是其真实意思表示，这样的行为通常足以证明协议的有效性。按指印在法律上被视为一种特殊的签名方式，它同样能够证明当事人的身份和意愿。

5. 满足特定形式要求：

   • 根据某些特定法律或行业规定，协议可能还需满足其他形式要求，如公证、见证、批准、登记等。这些要求因地区、行业或具体情况而有所不同，必须严格遵守以确保协议的有效性。例如，某些房地产交易合同可能需要经过公证才能生效。

举例说明： 假设甲乙双方签订了一份房屋买卖合同，双方均具备完全民事行为能力，合同内容合法合规，且双方自愿签订并在合同上签字按指印。此外，该合同还按照当地房地产交易的规定进行了公证。在这种情况下，该房屋买卖合同就是有效的。

建议：

• 在签订重要协议前，务必仔细阅读合同条款，确保内容符合自身意愿且合法有效。
• 如果对协议的有效性存在疑虑，或者协议涉及重要权益或大额交易，建议寻求我的专业法律意见，以确保协议的合法性和有效性。

综上所述，双方签订协议书并签字按指印的有效性取决于多个因素的综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。