协议不按指印，在一般情况下仍然是有效的。不过，协议的具体效力还需根据协议内容、签订过程以及是否存在特殊约定等因素来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

协议生效的法律基础

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，协议（合同）的生效并不以按指印为必要条件。合同的有效性主要取决于以下几个关键因素：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：签订协议的当事人必须具备相应的民事行为能力，能够理解协议内容并预见行为后果。这是确保协议双方能够理解和承担协议所带来法律义务的基础。

2. 意思表示真实：当事人签订协议必须是其真实自愿的想法，不存在欺诈、胁迫等情形。这是保障协议双方权益，防止不公平协议产生的重要原则。

3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容必须合法合规，不能是违法犯罪的约定，也不能违背社会公德和善良风俗。这是维护社会秩序和公共利益的基本要求。

协议生效的具体形式

在签订协议时，当事人可以通过签名、盖章或者按指印的方式使协议成立。这三种方式在法律上具有同等的效力，即并不是必须同时满足才能生效。换句话说，只要协议当事人选择了其中一种方式，并且该方式能够证明协议是双方的真实意愿表达，那么协议就自成立时起生效。

特殊情况下的协议效力

尽管按指印不是协议生效的必要条件，但也存在一些特殊情况需要注意：

1. 协议中明确约定了生效条件：如果协议中明确约定了必须双方签字并按指印才能生效，那么在这种情况下，只签字不按指印的协议可能无法生效。这是因为双方已经通过协议明确约定了生效条件，必须严格遵守。

2. 协议内容存在违法违规条款：如果协议内容存在违法违规条款，或者协议的签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，那么这份协议的效力也可能受到影响。这种情况下，即使协议已经签字或盖章，也可能因为违反法律法规或公序良俗而被认定为无效。

实际案例与建议

以房屋租赁合同为例，甲和乙签订了一份租赁合同，双方仅在合同上签字确认，没有按指印。后甲以合同没有按指印为由主张合同无效并拒绝履行。在此情况下，法院通常会认定该租赁合同有效，因为双方均具有相应的民事行为能力，签订合同是双方真实意思的表示，且合同内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。签字作为合同成立的一种方式，已足够使合同生效。

建议：

• 在签订重要协议时，为了增强协议的证明力和可信度，建议同时采用签名、盖章和（如有需要）按指印的方式。
• 确保协议内容清晰明确，无歧义，并符合法律法规的要求。
• 保留好相关证据，如协议原件、签订过程中的沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。

如果您在协议签订或履行过程中遇到任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。