商家以国补后的价格开发票是否合法，需分情况讨论：

1. 若国补资金已实际到账商家账户
   根据《发票管理办法》第十九条，商家应按实际交易金额（即扣除补贴后的净价）开具发票。此时商家行为合法，但需确保发票内容与合同、付款记录一致，避免出现“阴阳合同”或虚开发票情形。例如：若车价10万元，国补2万元，商家实际收款8万元，则发票金额应为8万元。

2. 若国补资金尚未到账或存在不确定性
   商家以补贴后价格开发票可能涉嫌违法：

   • 虚开发票风险：若补贴最终未获批，商家实际未收到补贴款，但已按补贴后价格开票，可能构成《刑法》第二百零五条之一的“虚开发票罪”（虽不构成增值税专用发票犯罪，但仍可能面临行政处罚）。
     
   • 消费者权益风险：若补贴未到账导致商家要求消费者补差价，可能涉及《消费者权益保护法》第五十五条的“欺诈”情形，消费者可主张三倍赔偿。

实务建议：

• 对消费者：要求商家在合同中明确标注“含国补价格”及补贴条件，并保留付款凭证、补贴申请记录等证据。若补贴未到账，可拒绝补差价并投诉至12315。
  
• 对商家：建议按车价全额开票，在补贴到账后通过红字发票冲减或单独开具补贴收款凭证，避免税务风险。

法律依据：

• 《发票管理办法》第十九条：销售商品、提供服务……的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。
  
• 《刑法》第二百零五条之一：虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。
  

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