结论：实际施工人单纯挂靠资质用于资金结算的管理费被截流，这一行为通常是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律角度
挂靠行为的违法性：
- 根据相关法律法规，挂靠行为（即没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义承揽工程）是违法的。这种行为扰乱了建筑市场的秩序，损害了其他合法经营者的利益，同时也可能引发工程质量、安全等问题。
管理费的性质：
- 管理费通常是挂靠协议中约定的，由实际施工人向被挂靠企业支付的费用，用于覆盖被挂靠企业因出借资质而产生的风险和管理成本。然而，由于挂靠行为本身违法，因此挂靠协议中的管理费条款也可能因违反法律强制性规定而无效。
截流管理费的合法性：
- 既然挂靠行为违法，且管理费条款可能无效，那么被挂靠企业截流实际施工人的管理费就缺乏合法依据。这种行为可能构成对实际施工人财产权的侵害，实际施工人有权要求被挂靠企业返还被截流的管理费。
二、实践角度
合同效力问题：
- 在实践中，挂靠协议往往因违反法律强制性规定而被认定为无效合同。合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还。因此，被挂靠企业截流的管理费应当返还给实际施工人。
风险与责任：
- 挂靠行为不仅可能导致管理费被截流的问题，还可能引发其他法律风险和责任。例如，如果挂靠工程出现质量问题或安全事故，被挂靠企业可能需要承担连带责任。因此，从风险防控的角度来看，被挂靠企业应当避免参与挂靠行为。
行业规范与诚信：
- 建筑行业应当遵循诚实信用原则，维护市场秩序和公平竞争。挂靠行为破坏了这一原则，损害了行业的健康发展。因此，从行业规范的角度来看，截流管理费的行为也是不可取的。
三、建议与措施
对于实际施工人：
- 如果发现被挂靠企业截流了管理费，应当及时收集证据并寻求法律援助。可以通过协商、调解或诉讼等方式维护自己的合法权益。
对于被挂靠企业：
- 应当严格遵守法律法规和行业规范，避免参与挂靠行为。如果已经参与了挂靠行为并截流了管理费，应当主动返还给实际施工人，以避免法律风险和声誉损失。
对于监管部门：
- 应当加强对建筑市场的监管力度，严厉打击挂靠行为等违法违规行为。通过完善法律法规、加强执法力度等措施维护市场秩序和公平竞争环境。
进一步思考：在实际操作中，挂靠行为往往涉及复杂的法律关系和利益纠葛。因此，在处理相关纠纷时，需要综合考虑各种因素并寻求专业法律意见。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。