在法院审理过程中，如果被告对证据不认可并申请鉴定，鉴定费用原则上由申请方，即被告先行垫付。但最终费用的承担会根据鉴定结果和案件具体情况由法院决定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 鉴定费用的垫付原则：

   • 根据一般的法律实践和诉讼程序，当被告对证据提出异议并申请鉴定时，鉴定费用通常由申请方，即被告先行垫付。这是为了确保鉴定程序的顺利进行，避免因费用问题而阻碍对案件事实的查明。

2. 鉴定费用的最终承担：

   • 鉴定费用的最终承担并非固定不变，而是会根据鉴定结果和案件具体情况由法院决定。
   • 如果鉴定结果支持了被告的主张，即证明了证据的不真实性或无效性，那么鉴定费用可能会由原告承担，或者由双方根据责任比例分担。
   • 如果鉴定结果未支持被告的主张，即证据被认定为真实有效，那么鉴定费用则可能由被告自行承担。

3. 特殊情况下的费用承担：

   • 在某些特殊情况下，如双方对鉴定费用承担有约定，或者法律、司法解释有特别规定，鉴定费用的承担可能会按照约定或规定执行。
   • 例如，如果双方在合同中明确约定了鉴定费用的承担方式，那么法院在判决时可能会参考这一约定。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于被告而言，在申请鉴定前应充分评估鉴定费用和可能的结果，确保鉴定的必要性和合理性。
   • 在鉴定过程中，被告应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的材料和协助，以确保鉴定的顺利进行。
   • 在鉴定结果出来后，被告应根据鉴定结果和案件情况，与原告协商鉴定费用的承担方式，或者等待法院的判决。

举例说明：假设在一起合同纠纷案件中，被告对原告提供的合同真实性提出异议并申请鉴定。在鉴定过程中，被告先行垫付了鉴定费用。鉴定结果出来后，如果合同被认定为真实有效，那么鉴定费用可能由被告自行承担；如果合同被认定为伪造或无效，那么鉴定费用可能会由原告承担或双方分担。

总结与建议：在法院审理过程中，被告对证据不认可并申请鉴定时，应了解鉴定费用的垫付原则和最终承担方式。同时，被告应积极配合鉴定工作，并根据鉴定结果和案件情况与原告协商或等待法院判决鉴定费用的承担。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。