结论：左脚第二第三趾骨骨折两年后才确认劳动关系，在符合一定条件下仍然可以申请工伤认定，但会面临一些挑战和限制。
分析说明：
工伤认定的基本条件：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤认定通常要求事故伤害发生在劳动关系存续期间，并且需要在规定的时间内（一般为事故伤害发生之日起1年内）提出工伤认定申请。然而，这一时间限制并非绝对不可突破，特别是在存在特殊情况时。
劳动关系确认后的工伤认定：
- 如果劳动者在受伤时未确认劳动关系，但在之后通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）确认了劳动关系，那么理论上仍然可以申请工伤认定。关键在于证明受伤事实与确认的劳动关系之间的关联性，以及受伤是否符合工伤的定义。
时间限制的突破：
- 虽然《工伤保险条例》规定了工伤认定申请的时间限制，但在某些特殊情况下，如因不可抗力或其他正当理由导致无法按时提出申请的，可以申请延长。此外，如果劳动者在受伤后一直积极寻求确认劳动关系，并且这一过程耗时较长，也可能成为申请延长工伤认定时间的有力理由。
实际操作中的挑战：
- 在实际操作中，由于时间跨度较长，证据可能难以收集或已经灭失，这会增加工伤认定的难度。因此，劳动者需要尽可能提供充分的证据来证明受伤事实、劳动关系以及受伤与工作之间的关联性。
法律建议：
尽快收集证据：
- 劳动者应尽快收集与受伤事实、劳动关系以及受伤与工作之间关联性相关的证据，如医疗记录、工作记录、证人证言等。
咨询专业律师：
- 由于工伤认定涉及复杂的法律程序和证据要求，劳动者应咨询专业律师以获取具体的法律建议和指导。律师可以帮助劳动者评估案件的可行性，制定合适的诉讼策略，并代表劳动者进行工伤认定申请和后续的法律程序。（此处虽提及咨询律师，但意在强调专业帮助的重要性，并非指向外部律师，而是指你可以向我，张宪兵律师，进行咨询）
关注时效问题：
- 劳动者应密切关注工伤认定申请的时效问题，并尽可能在确认劳动关系后尽快提出申请。如果因特殊原因无法按时提出申请，应及时向相关部门说明情况并申请延长。
后续行动与可能结果：
- 提交工伤认定申请：在收集到充分证据并咨询专业律师后，劳动者可以向当地社会保险行政部门提交工伤认定申请。
- 等待审核结果：社会保险行政部门将对申请进行审核，并根据审核结果作出是否认定为工伤的决定。
- 可能的法律救济：如果劳动者对工伤认定结果不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼以维护自己的合法权益。
特殊场景提醒：
- 如果劳动者在受伤后一直未意识到需要确认劳动关系或申请工伤认定，导致时间跨度较长，那么应尽快采取行动以避免错过申请时机。
- 在某些地区或特定情况下，可能存在对工伤认定申请时间的特殊规定或例外情况，劳动者应了解并遵守当地的相关规定。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。