结论前置：工作第五跖骨基底部骨折后又继续工作了两个月，通常仍然可以申请工伤认定，但是否适合进行劳动能力鉴定需根据伤情稳定情况和医疗机构的建议来确定。以下从工伤认定和劳动能力鉴定两个角度为你详细分析：

工伤认定

1. 申请时限：

   • 根据相关规定，用人单位应在事故伤害发生之日起30日内向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。若用人单位未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日起1年内直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。
   • 因此，从工伤认定的角度来看，骨折两个月后，无论是单位还是你个人，通常都是可以申请工伤认定的。

2. 申请材料：

   • 申请工伤认定需要准备一些必要的材料，如工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等。
   • 你需要确保这些材料的真实性和完整性，以便顺利申请工伤认定。

劳动能力鉴定

1. 鉴定时机：

   • 劳动能力鉴定是在职工发生工伤，经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力时进行的。
   • 骨折后两个月，大多数情况下骨折可能尚未完全愈合，伤情未达到相对稳定状态，因此可能不符合进行劳动能力鉴定的时机。具体的时间要根据骨折的部位、严重程度以及恢复情况等由医疗机构进行判断。
   • 以常见的四肢骨折为例，可能需要3-6个月甚至更长时间，待骨折愈合、功能恢复到相对稳定的程度，才适合进行劳动能力鉴定。

2. 鉴定准备：

   • 在进行劳动能力鉴定之前，你应咨询医生或专业医疗机构，确认自己的伤情是否已经相对稳定，以确保鉴定结果的准确性。
   • 同时，你需要准备好工伤认定决定书、诊断书、病历等相关材料，以便进行劳动能力鉴定。

法律建议

1. 及时申请工伤认定：

   • 尽管你已经继续工作了两个月，但仍然建议尽快申请工伤认定，以保障自己的合法权益。
   • 如果用人单位未按时申请，你可以自行或委托近亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内提出申请。

2. 遵循医生建议：

   • 由于每个人的恢复情况不同，具体的鉴定时间应根据实际情况和医生的建议来确定。
   • 在伤情未稳定之前，不要急于进行劳动能力鉴定，以免影响鉴定结果的准确性。

3. 准备相关材料：

   • 在申请工伤认定和劳动能力鉴定时，务必准备好所有必要的材料，如工伤认定申请表、劳动关系证明、医疗诊断证明等。
   • 这些材料的真实性和完整性对工伤认定和劳动能力鉴定的结果具有重要影响。

如果你在申请工伤认定或劳动能力鉴定过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和支持。