股东方和下属公司签订合作协议本身并不违规，但具体是否违规需根据协议内容、签订程序以及是否违反相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：

1. 协议内容合法性：

   • 合作协议的内容必须符合法律法规的规定，不得包含违法、违规或损害国家、社会公共利益的条款。例如，协议中不得约定非法转移资产、逃避税收、进行不正当竞争等行为。
   • 如果协议内容涉及特定行业的监管要求（如金融、医疗等），还需确保协议内容符合该行业的特殊规定。

2. 签订程序合规性：

   • 合作协议的签订应当遵循公司章程和内部管理制度的规定，确保签订程序合法合规。例如，可能需要经过股东会、董事会的决议或授权，或者需要履行特定的审批流程。
   • 如果股东方或下属公司存在关联关系，还需特别注意关联交易的合规性，避免利益输送或损害公司及其他股东的利益。

3. 是否违反公司治理原则：

   • 股东方作为公司的投资者，应当遵守公司治理原则，不得利用其地位或影响力损害公司及其他股东的利益。如果合作协议的签订导致股东方对下属公司形成不当控制或利益倾斜，可能违反公司治理原则。
   • 例如，如果股东方通过合作协议将下属公司的核心业务或资产转移至自己名下，或者要求下属公司承担不合理的费用或风险，都可能构成违规行为。

4. 是否违反反不正当竞争法等相关法律法规：

   • 如果合作协议涉及市场竞争行为，还需确保协议内容不违反反不正当竞争法等相关法律法规的规定。例如，协议中不得约定限制竞争、垄断市场或进行其他不正当竞争行为。

法律建议：

• 在签订合作协议前，股东方和下属公司应当对协议内容进行全面审查，确保协议内容合法合规且符合公司治理原则。
• 如果涉及关联交易或特定行业的监管要求，建议提前咨询相关监管部门或专业律师的意见，以确保协议的合规性。
• 在签订过程中，应当遵循公司章程和内部管理制度的规定，履行必要的审批流程，并保留相关证据以备查证。

可能后果：

• 如果合作协议被认定为违规或违法，可能面临被撤销、被认定无效或承担法律责任等后果。
• 违规行为还可能对公司声誉、股东关系以及未来业务发展产生负面影响。

如有具体协议内容或签订程序方面的疑问，可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律分析。