结论：旷工两天扣工资被辞退是否合法，需根据具体情况综合判断，主要取决于公司规章制度的合法性、合理性、公示情况以及辞退程序是否符合法律规定。
合法性分析
规章制度的合法性：
- 公司规章制度的制定必须遵循法律规定，特别是《劳动合同法》的相关规定。规章制度应经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，例如，不能规定过于严苛的旷工处罚，以至于超出合理范围。
规章制度的合理性：
- 旷工两天的界定应符合常理和行业惯例，不能过于严苛或不合理。公司应考虑到员工的实际情况和公司的生产经营需求，确保规定的合理性。
- 例如，若公司规定旷工两天即视为严重违反规章制度并可直接辞退，这一规定是否合理，需结合行业惯例、公司规模、员工岗位性质等因素综合判断。
规章制度的公示：
- 公司必须将规章制度向劳动者公示或告知，确保劳动者知晓并理解相关规定。公示方式可以是公告栏张贴、员工手册发放、电子邮件通知等，关键是要确保劳动者能够接收到信息。
- 若公司未履行公示或告知义务，员工对规章制度内容不知情，则该规章制度不能作为辞退员工的合法依据。
劳动合同中的约定：
- 若劳动合同中明确约定旷工达到两天及以上，用人单位有权解除劳动合同，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么辞退也可能被认定合法。
- 但需注意，劳动合同中的约定同样需遵循民主程序制定和公示告知的原则，否则可能因程序瑕疵而被认定无效。
辞退程序的合法性：
- 在员工旷工两天后，公司应按照规章制度和法定程序进行辞退处理。辞退决定应书面通知员工，并说明辞退理由和依据。
- 若公司未履行书面通知义务或未说明辞退理由和依据，则辞退行为可能构成违法解除。
不合法情况分析
规章制度不合法或不合理：
- 若公司规章制度未经民主程序制定，或内容违反法律法规，或未向劳动者公示，则该规章制度不能作为辞退员工的合法依据。
- 例如，若公司规定旷工两天即扣发全部工资并辞退，且该规定未经民主程序制定或未向劳动者公示，则该规定可能因不合法或不合理而被认定无效。
存在误解或不可抗力：
- 如果员工旷工是由于不可抗力因素导致（如突发疾病、紧急家事等），或员工对旷工的认定存在误解（如因公司考勤系统故障导致误记旷工），且公司未经调查核实就直接辞退员工，这种辞退行为很可能被认定为不合法。
辞退程序不合法：
- 若公司在辞退过程中未遵循法定程序（如未书面通知员工、未说明辞退理由和依据等），则辞退行为可能构成违法解除。
法律后果与建议
- 若旷工两天扣工资被辞退被认定为合法：公司无需支付经济补偿金，但应确保结算员工的工资，并按照法律规定支付可能的赔偿金（如因旷工给公司造成损失时的赔偿）。
- 若旷工两天扣工资被辞退被认定为不合法：公司可能需要向员工支付赔偿金（通常为经济补偿金的两倍），并面临法律诉讼的风险。此外，公司还需恢复员工的劳动关系或支付相应的工资损失。
- 建议：公司在制定规章制度时，务必遵循法律规定和民主程序，确保规章制度的合法性、合理性和公示性。同时，在辞退员工时，应严格按照规章制度和法定程序进行操作，以避免法律风险。员工在遇到此类情况时，也应了解自己的合法权益，并及时咨询专业律师以维护自己的权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第二十五条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（二）严重违反用人单位的规章制度的。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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