周末假期1天加班12小时，加班费应按1天计算，但需根据具体加班时段和工资基数确定加班费的具体金额。具体分析如下：
加班时长的认定：
- 根据《劳动法》及相关规定，加班时长是计算加班费的基础。在此案例中，员工在周末假期1天加班了12小时，这12小时应被认定为加班时长。
- 加班时长的计算不涉及“按几天算”的问题，而是直接根据实际加班的小时数来计算。因此，这里的“1天加班12小时”应理解为在1个工作日内加班了12小时。
加班费的计算方式：
- 周末加班通常按照不低于员工本人日或小时工资的200%支付加班费。这是基于《劳动法》第四十四条的规定，即“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬”。
- 具体计算时，需要先确定员工的日工资或小时工资基数。日工资基数通常按照员工本人的月工资标准除以月计薪天数（一般为21.75天）来计算；小时工资基数则是日工资基数除以8小时。
- 因此，加班费的具体金额 = 加班时长（小时）× 小时工资基数 × 200%。在此案例中，即为12小时 × 小时工资基数 × 200%。
特殊情况说明：
- 如果员工在周末加班的同时，还涉及到了法定节假日的加班（如周末恰好是法定节假日），那么法定节假日的加班部分应按照不低于员工本人日或小时工资的300%支付加班费。
- 但在此案例中，仅提及了“周末假期1天加班12小时”，并未涉及法定节假日的加班，因此只需按照周末加班的标准来计算加班费。
行动建议：
- 员工应保留好加班的相关证据，如加班通知、考勤记录等，以便在需要时证明自己的加班事实。
- 如果用人单位未按照法律规定支付加班费，员工可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。