结论：因起诉期限被驳回的行政案件，申请检察院监督时，不一定会以超过起诉期限为由被驳回，这取决于具体案件情况及检察院的审查结果。
分析说明：
检察院监督的独立性：
- 检察院在行政诉讼监督中扮演着独立的角色，其审查并不完全受法院判决结果的束缚。即使法院以超过起诉期限为由驳回了行政案件，检察院在受理监督申请后，仍会依法进行独立审查。
检察院审查的内容：
- 检察院在审查监督申请时，会关注法院的判决是否合法、公正，包括起诉期限的计算是否正确、是否存在特殊情况导致起诉期限应被延长或中断等。
- 如果检察院认为法院的判决在起诉期限方面存在错误，或者存在其他应当监督的情形，它有权提出抗诉或检察建议，要求法院重新审理。
特殊情况的处理：
- 在某些特殊情况下，如当事人因不可抗力或其他正当理由耽误了起诉期限，且在障碍消除后及时提出了申请，检察院可能会认为这种情况符合法律规定的延长或中断起诉期限的条件，从而支持当事人的监督申请。
法律建议：
- 准备充分证据：如果您认为法院的起诉期限计算有误，或存在其他应当延长或中断起诉期限的情形，请在申请检察院监督时提供充分的证据来支持您的观点。
- 详细阐述理由：在申请书中，详细阐述您认为法院判决错误的具体理由，以及检察院应当监督的法律依据和事实依据。
- 关注审查进展：提交申请后，及时关注检察院的审查进展，配合检察院的调查和询问工作，以便检察院能够全面、准确地了解案件情况。
后续行动：
- 如果检察院受理了您的监督申请，并认为法院的判决存在错误，它可能会提出抗诉或检察建议，要求法院重新审理。此时，您需要积极配合检察院和法院的工作，提供必要的证据和材料。
- 如果检察院认为您的监督申请不成立，或者法院的判决没有错误，它可能会驳回您的申请。在这种情况下，您可以考虑其他法律途径来维护自己的权益，如申请再审或寻求其他法律救济。
总结与启示：
因起诉期限被驳回的行政案件，在申请检察院监督时，并不一定会以超过起诉期限为由被驳回。关键在于您能否提供充分的证据和理由来支持您的观点，以及检察院在审查后是否认为存在监督的必要。因此，在申请监督前，请务必做好充分的准备和规划。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。