结论前置：当您持有工作证明却被记录为缺勤时，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益。
一、核实缺勤记录的真实性
- 查看考勤记录：首先，您应当要求公司出示详细的考勤记录，包括打卡记录、请假记录等，以核实缺勤记录是否真实存在以及缺勤的具体原因和天数。
- 对比工作证明：将考勤记录与您的工作证明进行对比，确认是否存在矛盾或错误。如果工作证明能够证明您在特定时间段内确实在工作，而考勤记录却显示您缺勤，那么考勤记录可能存在问题。
二、与公司沟通协商
- 提出异议：如果您发现考勤记录存在错误或不合理之处，应当及时向公司的人力资源部门或相关负责人提出异议，并要求更正考勤记录。
- 提供证据：在沟通过程中，您可以提供工作证明、打卡记录、同事证言等证据，以支持您的主张。
- 协商解决方案：与公司协商解决方案，如更正考勤记录、补发工资、给予合理补偿等。
三、寻求法律援助
- 了解相关法律法规：在沟通过程中，如果公司拒绝更正考勤记录或拒绝给予合理补偿，您可以了解相关的劳动法律法规，如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等，以明确自己的权益和公司的义务。
- 申请劳动仲裁：如果与公司协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司更正考勤记录、补发工资、给予经济补偿等。在申请劳动仲裁时，您需要提交相关的证据材料，如工作证明、考勤记录、沟通记录等。
- 提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、注意事项
- 保留证据：在整个过程中，您应当妥善保留所有与缺勤记录相关的证据材料，如工作证明、考勤记录、沟通记录等，以备不时之需。
- 及时行动：一旦发现考勤记录存在问题，应当及时与公司沟通协商，并尽快采取法律措施维护自己的权益。拖延时间可能会导致证据丢失或法律时效过期等问题。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
举例说明：假设您持有工作证明，证明您在某个月份内全勤工作，但公司却记录您缺勤了几天。在这种情况下，您可以先要求公司出示考勤记录进行核实。如果考勤记录确实存在错误，您可以与公司沟通协商要求更正。如果公司拒绝更正或拒绝给予合理补偿，您可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁或向法院提起诉讼来维护自己的权益。