结论：员工是否还可以起诉公司，取决于多个因素，包括扣饭行为是否违法、是否超过诉讼时效等。以下是对这些因素的详细分析：
一、扣饭行为是否违法
首先，需要明确的是，公司扣员工吃饭（假设这里指的是公司从员工工资中扣除餐费）的行为是否违法。这主要取决于以下几个方面：
- 劳动合同或公司规章制度：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了公司可以从员工工资中扣除餐费，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。
- 法律法规：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。如果扣除餐费的行为没有合法依据，或者扣除的金额超过了合理范围，那么这种行为可能是违法的。
二、诉讼时效
即使公司扣员工吃饭的行为违法，员工是否还可以起诉公司，还取决于是否超过了诉讼时效。根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果员工发现公司扣饭行为违法，并且想要通过法律途径维护自己的权益，那么他们需要在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起三年内提起诉讼。
- 如果未超过诉讼时效：员工仍然有权向法院提起诉讼，要求公司返还被扣除的餐费，并可能要求公司支付相应的赔偿。
- 如果已超过诉讼时效：员工将失去通过法律途径维护自己权益的机会，法院将不再受理其诉讼请求。但需要注意的是，如果员工能够证明存在诉讼时效中断或中止的情形（如公司承诺返还餐费但未履行等），那么诉讼时效可能会重新计算或延长。
三、其他考虑因素
除了上述两个因素外，还有一些其他因素也可能影响员工是否可以起诉公司：
- 证据收集：员工需要收集足够的证据来证明公司扣饭行为违法，如劳动合同、工资条、公司规章制度等。如果员工无法提供充分的证据，那么其诉讼请求可能会被法院驳回。
- 法律程序：员工需要了解并遵守法律程序，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁、向法院提起诉讼等。如果员工不熟悉法律程序或未按照法律程序进行操作，那么其权益可能无法得到有效维护。
四、建议
- 如果员工认为公司扣饭行为违法且未超过诉讼时效：建议员工及时收集证据并向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼以维护自己的权益。
- 如果员工不确定是否超过诉讼时效或需要法律帮助：可以直接向我咨询，我会根据具体情况为员工提供专业的法律建议和帮助。
总之，员工是否还可以起诉公司取决于多个因素的综合考虑。如果员工认为自己的权益受到侵害且符合起诉条件，那么他们应该及时采取行动以维护自己的权益。