结论：公司是否有权利扣款，不能仅凭公司制度中有相关规定就一概而论，需要具体分析公司制度的内容、制定程序以及扣款的原因和合法性等多个方面。

分析如下：

1. 公司制度的合法性：

   • 公司制度作为公司内部的管理规范，其制定和实施必须遵循国家法律法规的规定。如果公司制度中的扣款条款违反了法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费支付等，那么这些条款是无效的，公司不能依据这些无效条款进行扣款。
   • 例如，如果公司制度规定员工迟到一次就扣除当月全部奖金，而这样的规定明显不合理且可能违反劳动法中关于奖金支付的规定，那么公司就不能依据这一制度进行扣款。

2. 公司制度的制定程序：

   • 公司制度的制定应当经过民主程序，即应当征求员工的意见或者经过职工代表大会的讨论通过。如果公司制度未经民主程序制定，或者制定过程中存在欺诈、胁迫等情形，那么这些制度可能对员工不产生约束力，公司也不能依据这些制度进行扣款。
   • 例如，公司未经员工同意就擅自制定了一项扣款制度，并直接实施，这样的制度在法律上可能是无效的。

3. 扣款的原因和合法性：

   • 即使公司制度合法且经过民主程序制定，公司也不能随意扣款。扣款必须基于合法的原因，如员工违反公司规章制度、造成公司损失等。同时，扣款的金额也应当合理，不能超过员工应承担的责任范围。
   • 例如，员工因疏忽导致公司财产损失，公司可以根据实际情况要求员工承担一定的赔偿责任，但赔偿金额应当合理，不能随意扣款。

4. 员工权益的保护：

   • 员工有权对公司的扣款行为提出异议。如果员工认为公司的扣款行为违反了法律法规或公司制度，可以向公司提出申诉或向劳动监察部门投诉。在处理扣款纠纷时，应当注重保护员工的合法权益，确保扣款的合法性和合理性。

建议：

• 对于公司而言，应当确保公司制度的合法性和合理性，经过民主程序制定，并明确扣款的原因和金额标准。同时，在实施扣款时，应当遵循法律法规的规定，确保扣款的合法性和合理性。
• 对于员工而言，如果对公司扣款行为有异议，应当及时向公司提出申诉或向劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。