结论前置：公司并非在所有情况下都有权利扣除员工工资，其扣薪行为必须严格遵循法律法规，并基于合法、合理的事由。
一、公司有权扣除工资的法定情形
代扣代缴个人所得税：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，公司有义务代扣代缴员工的个人所得税。这是公司的法定义务，员工也有义务配合完成这一流程。
代扣代缴社会保险费用：
- 包括养老保险、医疗保险、失业保险等，公司需按照规定比例从员工工资中扣除应由员工个人承担的社会保险部分。这也是公司的法定义务，确保员工的社会保障权益。
法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等：
- 在特定法律程序中，如离婚后子女抚养费、老人赡养费等，公司可能需要根据判决结果代扣相关费用，并支付给权利人。
因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可依法要求赔偿。但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，员工违规操作导致设备损坏，造成一定损失，且劳动合同中有赔偿约定，则公司可按规定从工资中扣除相应赔偿款。
违反公司规章制度或劳动合同的违约金：
- 需符合法律规定的条件，如提前解除劳动合同的服务期违约金、违反竞业限制的违约金等。但这类扣除也需遵循法定程序和限制，不能随意进行。
事假期间未提供劳动的无薪处理：
- 员工请事假期间，公司可不支付工资。这是基于员工未提供劳动的事实，进行的合理无薪处理。
绩效挂钩的工资调整：
- 若劳动合同明确约定绩效工资与考核结果挂钩，公司可根据考核结果进行相应扣减。但这也需确保考核过程的公正、透明，且扣减比例需合理。
二、公司无权扣除工资的情形
迟到、早退罚款：
- 除非劳动合同或规章制度有明确约定且程序合法，否则公司不得以迟到、早退为由直接罚款。这类罚款往往缺乏法律依据，且容易引发劳动纠纷。
旷工一天罚三天工资：
- 此类惩罚性扣款通常缺乏法律依据。旷工期间的工资可按无薪处理，但额外罚款无效。公司应通过合理的考勤制度和纪律处分来管理员工的出勤情况。
强制乐捐等变相罚款：
- 未经员工同意的强制性捐款或罚款均属违法行为。公司不得以任何形式强制员工进行捐款或罚款，这侵犯了员工的财产权益。
未完成工作任务的全额扣薪：
- 除非劳动合同明确约定任务完成与工资全额挂钩，否则公司不得以此为由全额扣发工资。公司应通过合理的绩效考核和激励机制来管理员工的工作表现。
怀孕女职工产检时间扣薪：
- 女职工产检时间视为正常出勤，公司应支付工资。这是基于对女职工特殊生理时期的保护，公司不得以此为由扣减工资。
以实物代替货币工资：
- 工资应以货币形式支付，不得以实物折抵。这是基于工资支付的法定形式要求，公司应确保工资的及时、足额支付。
员工辞职扣工资：
- 员工依法辞职时，公司不得无故扣押工资。公司应按照劳动合同约定和国家规定，及时足额支付员工应得的工资报酬。
三、公司违法扣薪的法律后果
- 行政责任：劳动行政部门可责令限期支付差额，逾期加付赔偿金（应付金额50%-100%）。这是对公司违法扣薪行为的行政处罚，旨在督促公司及时纠正违法行为。
- 民事责任：员工可通过劳动仲裁或诉讼主张补发工资及经济补偿金。这是员工维护自身权益的重要途径，公司应积极应对并承担相应的民事责任。
- 刑事责任：恶意欠薪数额较大或持续时间较长的，可能被追究刑事责任。这是对公司严重违法扣薪行为的刑事制裁，旨在维护劳动市场的秩序和公平。
建议：作为员工，应了解自身权益和公司的扣薪规定，遇到违法扣款时及时与公司沟通或寻求法律援助。作为公司，应严格遵守法律法规和劳动合同约定，确保扣薪行为的合法性和合理性，避免引发劳动纠纷和法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。