结论：派出所所长指使他人拿着你的手机事后补签扣押清单的行为，若未经法定程序且存在违规操作，是违法的。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律程序角度

1. 扣押程序的合法性：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，扣押物品应当遵循严格的法定程序，包括出示搜查证或扣押决定书、制作扣押清单、由被扣押人签字确认等。
   • 若派出所所长指使他人未经法定程序，擅自拿着你的手机并事后补签扣押清单，这明显违反了扣押程序的合法性要求。

2. 事后补签的合法性：

   • 事后补签扣押清单，如果是在合法扣押后，因某种原因（如清单遗失、损坏等）需要重新制作并补签，且能证明补签行为的真实性和合法性，那么这种补签行为可能是合法的。
   • 然而，如果补签行为是在未经合法扣押程序的情况下进行的，或者补签的内容与实际情况不符，那么这种补签行为就是违法的。

二、行为性质角度

1. 滥用职权：

   • 派出所所长作为执法人员，应当严格遵守法律法规，依法行使职权。如果其指使他人违法扣押物品并事后补签清单，这可能构成滥用职权的行为。

2. 侵犯公民财产权：

   • 扣押物品是限制公民财产权的一种强制措施，必须依法进行。如果扣押行为违法，那么就侵犯了公民的财产权，被扣押人有权要求赔偿。

三、可能后果角度

1. 行政责任：

   • 如果派出所所长的行为被认定为违法，其可能面临行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。

2. 刑事责任：

   • 在严重的情况下，如果派出所所长的行为构成犯罪，如滥用职权罪、贪污罪等，其可能面临刑事追究，包括有期徒刑、罚金等刑罚。

3. 民事赔偿：

   • 如果因派出所所长的违法行为给你造成了经济损失，你有权要求其进行民事赔偿。

四、建议与行动

1. 收集证据：

   • 如果你认为派出所所长的行为违法，应当尽快收集相关证据，如扣押清单、证人证言、监控录像等，以证明其违法行为的真实性。

2. 向上级机关投诉：

   • 你可以向派出所的上级机关（如公安局）投诉，要求其对派出所所长的行为进行调查和处理。

3. 寻求法律援助：

   • 如果你在处理此事过程中遇到困难或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总结：派出所所长指使他人拿着你的手机事后补签扣押清单的行为，若未经法定程序且存在违规操作，是违法的。你应当积极收集证据，向上级机关投诉，并在必要时寻求法律援助。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。