结论：公司不签正式劳动合同但签订了协议，其可靠性取决于协议的具体内容、签订过程以及是否符合相关法律法规的要求。以下从多个角度进行分析：
一、协议内容合法性
协议内容需合法：
- 协议中的条款必须符合国家法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。例如，协议中不能约定低于法定最低工资标准的工资，也不能剥夺劳动者的法定权益，如休息休假、社会保险等。
- 如果协议内容存在违法之处，那么该协议可能被视为无效或部分无效，无法起到保护劳动者权益的作用。
协议需明确双方权利义务：
- 协议应明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、社会保险等关键条款。
- 如果协议内容模糊不清或存在歧义，可能导致双方在履行过程中产生争议，影响协议的可靠性。
二、签订过程合规性
双方自愿签订：
- 协议的签订必须是双方自愿的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果劳动者是在被胁迫或欺诈的情况下签订的协议，那么该协议可能被视为无效。
协议需经双方签字或盖章确认：
- 协议必须经双方签字或盖章确认，以确保协议的真实性和有效性。如果协议未经双方确认，那么该协议可能无法被认定为有效合同。
三、与劳动合同的关系
协议不能替代劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。协议虽然可以约定一些双方的权利义务，但不能完全替代劳动合同的法律地位和作用。
- 如果公司仅与劳动者签订协议而不签订正式劳动合同，可能面临法律风险，如被劳动行政部门责令改正、支付双倍工资等。
协议与劳动合同的补充关系：
- 在某些情况下，协议可以作为劳动合同的补充，对劳动合同中未约定或约定不明确的内容进行补充和明确。但前提是协议内容必须合法、合规，且不得与劳动合同相抵触。
四、法律后果与风险
劳动者权益受损风险：
- 如果协议内容存在违法或不合理之处，劳动者的权益可能受到损害。例如，协议中约定的工资低于法定最低工资标准，或者未约定社会保险等法定福利。
公司法律风险：
- 公司不签正式劳动合同而仅签订协议，可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、支付双倍工资等。同时，如果发生劳动争议，公司可能因未签订正式劳动合同而承担不利后果。
五、建议与措施
劳动者角度：
- 在签订协议前，劳动者应仔细阅读协议内容，确保协议内容合法、合规且明确双方权利义务。
- 如果对协议内容存在疑问或不确定之处，劳动者可以咨询专业律师或劳动行政部门，以维护自己的合法权益。
公司角度：
- 公司应遵守国家法律法规的规定，与劳动者签订正式劳动合同，并明确双方的权利义务。
- 如果公司希望与劳动者签订补充协议，应确保协议内容合法、合规且不得与劳动合同相抵触。同时，公司应妥善保管协议和劳动合同等文件资料，以备不时之需。
总结：公司不签正式劳动合同但签订了协议，其可靠性取决于多个因素。为了确保双方权益得到保障，建议劳动者和公司在签订协议前仔细阅读协议内容并咨询专业律师的意见。如果遇到任何法律问题或争议，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。