公司把一月和二月的个人所得税一起申报，在符合特定条件时是合法的，但一般情况下应按月申报。具体分析如下：

1. 正常情况下的申报要求
   根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，扣缴义务人（如公司）需按月预扣预缴个人所得税。这意味着公司应在每月发放工资时，根据员工收入计算应纳税额，并在次月15日前向税务机关申报并缴纳税款。例如，1月工资应在2月15日前申报，2月工资应在3月15日前申报。

2. 合并申报的合法情形
   若公司因特殊原因（如系统故障、财务人员变动等）导致某月未能及时申报，可向税务机关申请延期申报或补申报。但需注意：

   • 延期申报需提前向税务机关说明理由并获得批准；
     
   • 补申报需在发现问题后尽快完成，且可能涉及滞纳金（按日加收万分之五）。
     此外，若员工1月和2月工资合并发放（如春节前一次性发放两个月工资），公司可按合并后的收入计算税款并申报，但需在发放当月完成申报（如2月发放两个月工资，应在3月15日前申报）。

3. 违法风险与后果
   若公司无正当理由合并申报（如为减少工作量故意拖延），可能面临：

   • 税务机关责令限期改正；
     
   • 处以罚款（通常为2000元以下，情节严重可处2000元至1万元）；
     
   • 员工可能因公司未及时申报影响个人信用（如购房、贷款时需提供完税证明）。

建议：

• 若公司因客观原因需合并申报，应提前与税务机关沟通并留存书面证据；
  
• 员工若发现公司未按时申报，可要求公司补缴税款并说明情况，必要时可向税务机关举报。
  

如有其他细节需要进一步分析（如公司具体操作方式、税务机关反馈等），可随时向我补充说明。